MLS컵 2006 는 메이저 리그 사커 2006 의 最終 優勝 팀을 가리는 蹴球 競技로, 2006年 11月 12日에 프리스코 의 피자헛 파크 에서 열렸다. 휴스턴 다이너모 가 뉴잉글랜드 레벌루션 을 勝負차기 끝에 꺾고 優勝을 차지했다.