남수단 共和國의 大統領 ( 英語 : President of the Republic of South Sudan )은 남수단 의 國家元首 이다. 任期는 5年 重任制이며 1番 重任이 可能해 最大 任期는 10年까지이다.

2005年 1月 9日 부터 2005年 7月 30日 까지 南部 수단 自治 政府 首班에 존 佳郞 이 就任했으나 在任 中 헬기 事故로 死亡해 살바 키르 마야르디트 가 1個月 동안 代行을 맡은 뒤 大統領職을 承繼하였다. 現在 獨立 以後 남수단 의 大統領은 살바 키르 마야르디트 로 2011年 7月 9日 에 남수단 共和國 初代 大統領에 就任해 2016年 7月 9日 두 番째 任期를 始作하였다.

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臺	이름		就任日	退任日	正當
南部 수단 自治 政府
6	존 佳郞 John Garang de Mabior		2005年 1月 9日	2005年 7月 30日	手段人民解放運動 (SPLM)
- (代行)	살바 키르 마야르디트 Salva Kiir Mayardit		2005年 7月 30日	2005年 8月 11日	手段人民解放運動 (SPLM)
7			2005年 8月 11日	2011年 7月 9日
남수단 共和國
1	살바 키르 마야르디트 Salva Kiir Mayardit		2011年 7月 9日	2016年 7月 9日	手段人民解放運動 (SPLM)
			2016年 7月 9日