아펜젤러는 美國 北長老敎會 宣敎師인 好매스 그랜트 언더우드(Horace Grant Underwood, 1859~1916)와 함께 美國 北監理敎會에서 韓國에 派送한 最初의 宣敎師이다. 그는 1885年 우리나라에 들어와 韓國監理敎會를 創設하고, 배재學堂을 設立했다. 以後 1887年 9月 서울에 벧엘禮拜堂(現在 정동제일교회)을 設立해 傳道活動을 展開하였다.
1887年에 韓國 聖經 飜譯部가 생기자 언더우드, 게일 等과 함께 聖經飜譯事業에 參與하여 <마태 福音>, <마가 福音>, <고린도 戰서>, <고린도 後序>를 맡아 飜譯하였다. 1895年에는 月刊 雜誌 《韓國 彙報》를 다시 펴내면서 編輯을 맡았다. 特히 그는 暗記 爲主의 韓國式 敎育 方法을 理解 中心의 敎育 方法으로 改善하는 데 크게 이바지하였다. 그러다
1902年 全南 木浦에서 열리는 聖經飜譯者大會에 參席하기 위해 배를 타고 가던 途中 木浦 앞 바다에서 배가 衝突하는 事故로 世上을 떠났다.