NAMD ^[1] ( Nanoscale Molecular Dinamics , precedentemente Not Another Molecular Dynamics Program ) e un software per la modelazione molecolare scritto con il linguaggio di programmazione Charm++ . Noto per la sua efficienza in ambienti di programmazione parallela, e spesso usato per simulazioni di sistemi complessi (milioni di atomi).

Storia [ modifica | modifica wikitesto ]

Creato nel 1995, dalla collaborazione dei gruppi Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) e Parallel Programming Laboratory (PPL), entrambi dell' Universita dell'Illinois Urbana-Champain, il programma e accessibile sia come programma compilato che come sorgenti ed e freeware per usi non-commerciali ad utenti, universita ed aziende, mentre risulta a pagamento per uso commerciale.

Struttura [ modifica | modifica wikitesto ]

Oltre ad avere una interfaccia a linea di comando, NAMD e famoso per la sua interfaccia grafica, VMD, che permette di visualizzare, animare, analizzare grandi strutture molecolari direttamente in 3D. Il programma, inoltre, e compatibile con gli altri maggiori software di simulazione (come Amber , Charmm e altri), rendendolo potente e flessibile. La versione piu recente del programma, a Novembre 2018, risulta essere la 2.13, in grado di supportare fino a 500.000 core cpu ed in grado di funzionare anche su gpu grazie ai linguaggi Cuda ed OpenCl .

Note [ modifica | modifica wikitesto ]

Altri progetti [ modifica | modifica wikitesto ]

• Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su NAMD

Collegamenti esterni [ modifica | modifica wikitesto ]

• Sito ufficiale , su ks.uiuc.edu .
• Repository sorgenti di NAMD , su gitlab.com .