システム生物?

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ゲノミクス Genomics

システム生物? （システムせいぶつがく、システムバイオロジ?、システムズバイオロジ?、 英語 : systems biology ）は、 システム工? の考え方や解析手法を 生物? に導入し、 生命 現象 を システム として理解することを目的とする ?問 分野。

?要 [ 編集 ]

黎明期にある?問分野であり、システムの構成要素の 同定 を目的とする網羅的な解析や、システムの動的な特性を解明することを目的とする ?究 が混在している。最終的には生命現象のシミュレ?ションもこの範疇に含まれるが、現?では各構成要素（タンパク質ネットワ?クなど）を バイオインフォマティクス の手法により、地道に調べているような段階である。シ?ケンス?アライメントの考えを前進させ、タンパク質のネットワ?クを比較して、そのネットワ?クの機能予測を行おうとする PathBLAST なども一つのシステムバイオロジ?的手法と言えるであろう。

また、そのシステムを記述するための表記法を策定しようとする動きもある。端的に言えば、生命の各構成要素を電子回路の各部品のように捉え、 回路? のような標準的表記方法を確立しようと言うことである。こういったモデルを記述する言語のひとつに SBML がある。

生物?におけるネットワ?ク [ 編集 ]

酵母?のタンパク質間相互作用の一部可視化（ Cytoscape による）。

具?的に分子生物?におけるシステムとは、?義には細胞?コンポ?ネントのネットワ?ク（ 遺?情報 、 シグナル?達 、 代謝 等からなる）である。その非常に複?なネットワ?クの解明は、システム生物?の一つの目標である。 タンパク質間相互作用 （Protein-Protein Interaction）によって形成されたネットワ?クもその一例だが、 酵母 （Saccharomyces cerevisiae）のような比較的?純な モデル生物 においても、非常に多?の タンパク質 が複?に影響を及ぼしあうことが知られている。このような?究には、 可視化 や デ?タマイニング が重要な役割を果たす。

一例を?げると、ある 種 の インタラクト?ム ネットワ?クから、別の種で?見された?知の局所構造（サブネットワ?ク）を探し出す、という分野がある。これは、ある局所構造が別の種の中にも?見された場合、それは類似の機能を持つ可能性が高いためである。つまり、現在では成熟したテクノロジ?となったシ?ケンス比較の考え方を一?進め、サブネットワ?クをクエリとして インタラクト?ム デ?タベ?スに入力し、そこから類似のサブネットワ?クを出力として得る、というものである。しかしながら、どのサブネットワ?クが類似性が高いか、というものを?値として評?する場合、ネットワ?クを構成する タンパク質 のシ?ケンス（ アミノ酸 配列）の類似性、 トポロジ? の類似性、?知の機能の類似性（具?的には、 遺?子オントロジ? による各タンパク質のアノテ?ション等）など、可能な評?方法が多岐にわたるため、??な点でまだ困難も多い。こういった、タンパク質や遺?子のネットワ?クに主眼を置き?究してゆく分野を、ネットワ?ク生物? (Network Biology) と呼ぶこともある。

?連項目 [ 編集 ]

外部リンク [ 編集 ]

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?際?議 [ 編集 ]

?際?? [ 編集 ]

システム生物??究で用いられるソフトウェア [ 編集 ]

各種デ?タベ?ス [ 編集 ]

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