NAMD
[1]
(
Nanoscale Molecular Dinamics
, precedentemente
Not Another Molecular Dynamics Program
) e un software per la modelazione molecolare scritto con il linguaggio di programmazione
Charm++
. Noto per la sua efficienza in ambienti di programmazione parallela, e spesso usato per simulazioni di sistemi complessi (milioni di atomi).
Creato nel 1995, dalla collaborazione dei gruppi Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) e Parallel Programming Laboratory (PPL), entrambi dell'
Universita dell'Illinois
Urbana-Champain, il programma e accessibile sia come programma compilato che come sorgenti ed e freeware per usi non-commerciali ad utenti, universita ed aziende, mentre risulta a pagamento per uso commerciale.
Oltre ad avere una interfaccia a linea di comando, NAMD e famoso per la sua interfaccia grafica, VMD, che permette di visualizzare, animare, analizzare grandi strutture molecolari direttamente in 3D. Il programma, inoltre, e compatibile con gli altri maggiori software di simulazione (come
Amber
,
Charmm
e altri), rendendolo potente e flessibile. La versione piu recente del programma, a Novembre 2018, risulta essere la 2.13, in grado di supportare fino a 500.000 core cpu ed in grado di funzionare anche su
gpu
grazie ai linguaggi
Cuda
ed
OpenCl
.