Il popolamento dell'arcipelago nipponico viene fatto risalire attorno al 30.000 a.C., periodo in cui si verificarono movimenti migratori di popolazioni originarie del sud-est asiatico .

Una nuova ondata migratoria si verifico probabilmente attorno al 10.000 a.C. da parte degli Ainu , una popolazione paleo- europoide di incerta origine, i cui membri avevano tratti somatici caucasici. Molti tendono a definire gli Ainu come la vera popolazione autoctona del Giappone, ^[31] tuttavia pare che negli anni successivi gli Ainu si siano fusi con nuove popolazioni di stirpe mongolica che si stabilirono nel territorio, provenienti dalla Corea e da altre zone del continente asiatico . Queste mistioni di etnie diverse causarono la riduzione numerica degli Ainu e diedero inizio a una nuova etnia, gli J?mon, e anche a una nuova cultura e a una nuova epoca detta J?mon .

Una nuova ondata migratoria nell' arcipelago giapponese si verifico attorno al 250 a.C. , costituita da popolazioni mongole provenienti dalla Corea e dal sud della Cina , che fuggirono a causa delle continue guerre che si combattevano in quelle zone. Questi gruppi si relazionarono e si meticciarono con gli abitanti locali attraverso varie fasi stabilendo nell'arcipelago giapponese una nuova cultura, che porto ad una nuova era denominata Yayoi . A partire dal 250 d.C. , con l'inizio dell'era Kofun , il Giappone fu diviso in comunita tribali dette uji ( 宇治 ^? ) , ma i primi segni di unita nazionale cominciarono ad aversi attorno al 500 d.C. , quando ebbe inizio il periodo Yamato .

Molti comunque fanno risalire la formazione etnica del popolo giapponese a circa il V secolo d.C. , quando l'intensificarsi di scambi economici e culturali con la Corea e la Cina portarono all'adozione della scrittura cinese , oltre che il verificarsi di flussi migratori da quell'area. Cio nonostante, l'influsso culturale dai quei paesi o la ≪sinizzazione≫ del Giappone non portarono a una colonizzazione oppure a una imitazione linguistica, ma al contrario a sviluppare un'identita etnica, linguistica e nazionale proprie.

L'attuale popolo giapponese, secondo il moderno studio della genetica (e dello studio del cromosoma Y in particolare), discende da un crogiolo di vari gruppi etnici che si sono diffusi sull'isola, amalgamandosi e/o scontrandosi, nel corso del secoli. Vi sono due aplogruppi dominanti (D e O), che riportano rispettivamente alle etnie Jomon e Yayoi e due aplogruppi minori (C e N), tutti ramificati in aplogruppi minori.

Gli studi dimostrano due grandi ondate di immigrazioni (circa 20/12.000 e 4/2.300) anni fa e due direttrici nord-sud e sud-nord.

Y, il cosiddetto "Adamo ancestrale"

• A (M91, P97)
• BT (SRY1532.1/SRY10831.1, M42, M94, M139, M299) (questo gruppo e indicato anche come YxA)
  • B (M60, M181, P85, P90)
  • CF (M168, M294, P9.1)
    • DE (M1/YAP, M145/P205, M203, P144, P153, P165, P167, P183)
      • D (M55) (Jomon 1, Ainu)
    • C, F (P143)
      • C (M8/ C1a1 ) (Jomon 2, Emishi)
      • F (M89, M213/P137, M235, P14, P133, P134, P135, P136, P138, P139, P140, P141, P142, P145, P146, P148, P149, P151, P157, P158, P159, P160, P161, P163, P166, P187)
        • IJK (L15/M523/S137, L16/M522S138, L69.1(=G)/S163.1)
          • K (M9, P128, P131, P132)
            • MNOPS (M526)
              • NO (M214, P188, P192, P193, P194, P195)
                • N (M231)
                • O (M175, P186, P191, P196) (Yayoi)

Questi dunque gli aplogruppi diffusi in Giappone:

• aplogruppo D (34.7%); ceppo molto antico, appartengono a esso molti Ainu e buona parte dei giapponesi, probabilmente coloro che fanno parte del gruppo Jomon, gli abitanti originari del Giappone. Tale aplogruppo appartiene ai discendenti dei cacciatori-raccoglitori arrivati dal continente asiatico in un momento in cui le due regioni erano fisicamente collegate, ovvero fra i 20.000 e i 12.000 anni fa, prima che l'avanzare del livello del mare, alla fine dell'ultima glaciazione, separasse l'arcipelago giapponese dal continente asiatico spingendo i Jomon a diffondersi nelle isole nipponiche. E diffuso in un'area a forma di "U" nella zona settentrionale del Giappone, abitata dagli Ainu e nelle isole Ry?ky?, nell'estremo sud, come le isole Okinawa;
• aplogruppo O
  • sottogruppo O2 (P31) (31.8%); probabilmente originatosi fra Manciuria, Cina settentrionale e Corea, e molto comune nei coreani ed e ben diffuso in Giappone, soprattutto nel tipo di gruppo O2b1 (22%). E probabilmente da considerare il retaggio genetico del gruppo Yayoi, che arrivo nel Neolitico (circa 4.000/2.300 anni fa) in Giappone introducendo ad esempio dalla Corea l'agricoltura del riso e che si impose fra le precedenti popolazioni locali; da tali genti derivarono poi stati come il Regno Yamatai , nucleo del futuro Giappone e probabilmente origine della dinastia imperiale del Giappone , che dovrebbe discendere direttamente dall'antica dinastia Yamatou;
  • sottogruppo O3 (M122) (20.2%); tipico delle popolazioni dell' Asia orientale e del sud-est asiatico , probabilmente anch'esso parte del gruppo Yayoi. Questi aplogruppi O sono diffusi maggiormente nella parte sud-occidentale dell'arcipelago giapponese, come l'isola di Ky?sh?;
• aplogruppo C, sottogruppo C3 (8.5%), con tracce di C3 (centro asiatico) e C1 (che si ritiene sorto in Giappone e Europe), e presente fra genti delle Jomon (Emishi) e deve essere arrivato circa 12.000 anni fa. E diffuso maggiormente nelle zone di Tokushima (10%), Okinawa (4.4%-8%), Honsh? 9.8%, Ky?sh? 0%-6.4%;
• aplogruppo N (3.9%); raro in Giappone e sorto in Asia sud-orientale circa 15.000 a 20.000 anni fa.

Nei secoli scorsi il Giappone e stato interessato da movimenti migratori verso altri paesi.

L'inizio dell'emigrazione giapponese viene fatto risalire al XII secolo ed era diretta unicamente verso le Filippine , ma non era un vero e proprio fenomeno di massa, che diversamente si verifico a partire dal periodo Meiji , quando questi emigrati, detti nikkei ( 日系 ^? ) , si diressero verso Stati Uniti , Brasile, Canada , Peru e Argentina . Una parte significativa di questi emigro anche verso i territori conquistati dall' Impero giapponese nel periodo della sua espansione coloniale nei territori dell' Estremo Oriente : Taiwan , Corea, Sachalin , Cina e isole del Pacifico .

Attualmente la comunita di origine giapponese nel mondo conta circa 3,8 milioni di individui. ^[32] Gran parte di essi risiede in Brasile ( nippo-brasiliani ), piu precisamente negli Stati di San Paolo e Parana , mentre negli Stati Uniti essi sono maggiormente concentrati nella Hawaii ( giapponesi delle Hawaii ), in California e nello Stato di Washington . Un piccolo gruppo di cittadini di origine nipponica vive anche in Canada , in Europa e in Oceania . A queste comunita di piu remoto insediamento si aggiungono circa un milione di cittadini giapponesi residenti all'estero, in numerosi paesi.

• Robert Calvet e Dario Buzzolan, Storia del Giappone e dei giapponesi , Torino, Edizioni Lindau, 2008, ISBN  978-88-7180-726-3 .
• ( EN ) Michael F. Hammer et al. , Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gathererand farmer Y chromosomes ( PDF ), in Journal of Human Genetics , vol.?51, n.?47, Tokyo, The Japan Society of Human Genetics and Springer-Verlag, 2005, DOI : 10.1007/s10038-005-0322-0 (archiviato dall' url originale il 4 marzo 2009) .

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