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Domaine (biologie)

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En classifications biologiques , le domaine ( neolatinise en dominium ) est le premier niveau de rang, au-dessus des regnes .

Historique [ modifier | modifier le code ]

Le terme domaine a ete introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modele divisant celui-ci en trois grands groupes supposes monophyletiques [ 1 ] . Bien que pratique, le modele a trois domaines est critiquable puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophyletique. Par ailleurs, certains taxonomistes lui preferent, au nom de l'anteriorite, le terme vieilli d' empire .

Le modele a trois domaines [ modifier | modifier le code ]

Une illustration plus realiste des liens entre les 3 domaines avec les transferts horizontaux de genes , les endosymbioses et l'embranchement des Eukaryota chez des Archaea paraphyletiques .

La classification de Carl Woese et al. (1977, 1990) [ 2 ] , [ 3 ] , [ 4 ] distingue trois domaines presumes monophyletiques  :

  1. le domaine Bacteria (ou Eubacteria ) ;
  2. le domaine Archaea (ou Archaebacteria ) ;
  3. et le domaine Eukaryota (ou Eucarya ).

Ces taxons , s'ils possedent un heritage genetique commun (les genes impliques dans le metabolisme general des cellules eucaryotes sont d’origine bacterienne, tandis que ceux lies aux processus de replication et de reparation de l'ADN ainsi que de la traduction genetique sont d'origine archeenne), comportent en effet des differences fondamentales dans leurs genomes ou leur morphologie [ 5 ] .

Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes [ 6 ] .

Variantes [ modifier | modifier le code ]

D'autres modeles ont ete proposes, parmi lesquels :

Critiques [ modifier | modifier le code ]

Modele des trois domaines et hypothese eocyte   (en) (modele des deux domaines) [ 12 ] .

Le modele a trois domaines permet une vision synthetique dans une optique evolutionniste mais ne correspond pas exactement a la phylogenie du vivant.

Pour les systematiciens phylogenetiques , le modele a trois domaines est mis en defaut s'il se confirme que les eucaryotes emergent parmi les archees d'Asgard [ 13 ] . Les archees dans leur ensemble ne constituent donc pas le groupe frere des eucaryotes et les archees seuls (sans les eucaryotes) constituent un groupe paraphyletique , les Neomura selon Thomas Cavalier-Smith . Or, la classification phylogenetique ne reconnait que des clades ( monophyletiques ) [ 14 ] . La decouverte des archees d'Asgard en 2015 renforce ainsi les etudes phylogenetiques suggerant qu'il y a seulement deux domaines, les bacteries et les archees qui forment les deux grandes lignees ancestrales independantes.

Pour les systematiciens evolutionnistes , la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades mais devrait incorporer le concept de grade evolutif [ 15 ] (voir aussi empire et plan d'organisation ). De ce point de vue, les archees, procaryotes , se distinguent nettement des eucaryotes , lesquels ont beaucoup evolue avec notamment l'acquisition d'un noyau et, par endosymbiose avec une α-proteobacterie , d'une mitochondrie .

Autres rangs taxonomiques [ modifier | modifier le code ]

Les rangs taxonomiques [ a ] utilises en systematique pour la classification hierarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre decroissant) :


Notes et references [ modifier | modifier le code ]

Notes [ modifier | modifier le code ]

  1. En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnemotechnique pour Regne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espece), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques .
  2. Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caracterise par une description schematique appelee ≪  plan d'organisation  ≫.
  3. a b et c Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique . Ils ne sont pas regis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

References [ modifier | modifier le code ]

  1. (en) Carl R. Woese et George E. Fox , ≪  Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms  ≫, Proceedings of the National Academy of Sciences , vol.  74, n o  11,‎ , p.  5088?5090 ( ISSN   0027-8424 et 1091-6490 , PMID   270744 , DOI   10.1073/pnas.74.11.5088 , lire en ligne , consulte le )
  2. (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, ≪ An ancient divergence among the bacteria ≫, dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305?311
  3. Carl R. Woese & George E. Fox , "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", Proc. Natl. Acad. Sci. USA , Vol.74, No.11, November 1, 1977, p.  5088-5090. DOI   10.1073/pnas.74.11.5088
  4. (en) Carl R. Woese , Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc. Natl. Acad. Sci. USA , Vol.87, No.12, June 1, 1990, p.   4576-4579 . DOI   10.1073/pnas.87.12.4576
  5. Frederic Thomas, Thierry Lefevre, Michel Raymond , Biologie evolutive , De Boeck superieur, , p.  38 .
  6. (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith , ≪  The root of the eukaryote tree pinpointed  ≫, Current Biology , vol.  13, n o  17,‎ , R665-R666 ( PMID   12956967 , DOI   10.1016/S0960-9822(03)00602-X , lire en ligne )
  7. (en) E. Mayr , ≪  Two empires or three?  ≫, Proc. Natl. Acad. Sci USA. , vol.  95, n o  17,‎ , p.  9720?9723 ( PMCID   33883 , DOI   10.1073/pnas.95.17.9720 , lire en ligne )
  8. (en) T. Cavalier-Smith , ≪  Only six kingdoms of life  ≫, Proc. R. Soc. Lond. B , vol.  271,‎ , p.  1251?62 ( PMID   15306349 , PMCID   1691724 , DOI   10.1098/rspb.2004.2705 , lire en ligne )
  9. Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, Decouvrir la biologie , De Boeck Superieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. ( ISBN   2-8041-4627-8 )
  10. Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, Microbiologie , 3 e  edition, De Boeck , Bruxelles, 2010, p.491-492. ( ISBN   978-2-8041-6012-8 )
  11. (en) Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life , Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston , 2016, p.11. ( ISBN   978-1-305-07395-1 )
  12. (en) C. J. Cox, P. G. Foster, R. P. Hirt, S. R. Harris, T. M. Embley, ≪  The archaebacterial origin of eukaryotes  ≫, Proc Natl Acad Sci USA , vol.  105, n o  51,‎ , p.  20356?61 ( DOI   10.1073/pnas.0810647105 ) .
  13. (en) Laura Eme , Anja Spang , Jonathan Lombard , Courtney W. Stairs et Thijs J. G. Ettema , ≪  Archaea and the origin of eukaryotes  ≫, Nature Reviews Microbiology , vol.  15, n o  12,‎ , p.  711-723 ( ISSN   1740-1534 , DOI   10.1038/nrmicro.2017.133 , lire en ligne ) .
  14. (en) Willi Hennig ( trad.  D. Dwight Davis et Rainer Zangerl), Phylogenetic Systematics , Urbana, Chicago, London, University of Illinois Press, , 263  p. ( lire en ligne )
  15. (en) Ernst Mayr et W. J. Bock , ≪  Classifications and other ordering systems  ≫, Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research , vol.  40, n o  4,‎ , p.  169?194 ( ISSN   0947-5745 et 1439-0469 , DOI   10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x , lire en ligne , consulte le )

Voir aussi [ modifier | modifier le code ]

Bibliographie [ modifier | modifier le code ]

Articles connexes [ modifier | modifier le code ]