Le premier ministre est reveille par son majordome. Un spatio-cargo s'est fait attaquer par le vaisseau du capitaine Albator. Albator vole la marchandise et laisse en vie l'equipage. Le premier ministre convoque Tadashi Daiba pour lui demander des renseignements sur le pirate. Il va jusqu'a lui demander de lui servir d'informateur, puis l'enferme en prison, esperant qu'Albator viendra le chercher. En cellule, Tadashi rencontre Yattaran , lieutenant a bord de l' Arcadia . Kei Yuki les rejoint et les trois comperes s'evadent sans difficulte… Si ce n'est deux Sylvidres qui tentent de leur barrer la route. A bord de l' Arcadia , Tadashi rencontre Miime , une extraterrestre, derniere descendante de sa race qui voue sa vie au service d'Albator. Il est ensuite temoin d'un combat inegal contre un autre vaisseau qui est rapidement abattu. Albator revele a Tadashi qu'il n'y a pas plus puissant vaisseau de guerre terrien que l' Arcadia .

Albator propose a Tadashi de parcourir le vaisseau a sa guise afin qu'il puisse choisir ou non d'y rester. Il rencontre le docteur Zero , medecin de bord et se rend compte que les passagers de l' Arcadia ont un lourd penchant pour l'alcool, en particulier Miime qui s'en nourrit exclusivement. Tadashi est ensuite ramene sur Terre avec pour mission d'observer ce qui s'y passe. Albator lui confie un emetteur qui lui permettra d'appeler l' Arcadia lorsqu'il aura envie d'y retourner definitivement.

Tadashi est convie par le premier ministre a une conference du professeur Kusuko qui est parvenu a dechiffrer les inscriptions gravees sur la sphere. Il fait la connaissance de la ravissante Shizuka Namino , l'assistante du premier ministre. L'inscription traduite est ≪ Cette planete est la seconde patrie des toutes-puissantes Sylvidres ≫. Ensuite, le professeur evoque la menace de l'invasion imminente de la Terre. Les ministres se desinteressent completement de son expose et decident de "faire avec". Apres l'expose, Tadashi accompagne le professeur. Il lui expose sa theorie : la sphere serait un gigantesque emetteur pour les Sylvidres. Kusuko quitte Tadashi. Il est assassine quelques minutes plus tard par une Sylvidre. Tadashi est en colere et decide de rejoindre l'ordre des pirates a bord de l' Arcadia sous les yeux de Shizuka Namino. Presque aussitot, l' Arcadia arrive a hauteur de Tadashi.

Albator vient accueillir Tadashi et lui fait part du reglement de l' Arcadia avant que ce dernier n'embarque. Tadashi fait la promesse de le respecter. Tadashi doit ensuite apprendre a connaitre le fonctionnement de la communaute de l' Arcadia avant de comprendre quel poste il y prestera. Albator lui presente l'equipage a commencer par Yattaran, fan de maquette et lieutenant de l' Arcadia . De la passerelle, il assiste au decollage mene de main de maitre par le capitaine. Kei accompagne ensuite Tadashi a ses quartiers. Il croise dans les couloirs de l' Arcadia les membres de l'equipage qui boivent et jouent. Il rencontre Masu , la cuisiniere, l'oiseau d'Albator et le chat du docteur Zero. Cette atmosphere d'oisivete deplait a Tadashi. Il pensait que l'ordre devait imperativement regner a bord d'un tel vaisseau. Kei lui explique qu'il ne faut pas se fier aux apparences et que l' Arcadia est dirige par une discipline de fer. Kei laisse Tadashi rentrer a sa cabine. C'est alors que le jeune garcon croise mademoiselle Namino, qui a embarque comme passagere clandestine.

Kei rejoint Tadashi dans sa cabine pour savoir s'il a une idee sur le poste qui lui conviendrait. Tadashi est toujours perplexe face a l'apparente oisivete de l'equipage. C'est alors que l' Arcadia est attaque par un vaisseau sylvidre. Une sirene retentit et le decor change du tout au tout: l'equipage se met a courir dans tous les sens; chacun est determine a prendre son poste et sait exactement ce qu'il a a faire. Les differentes manœuvres du vaisseau sont effectuees avec beaucoup d'efficacite et le vaisseau sylvidre ne peut resister. Tadashi est impressionne. Il revoit son jugement et comprend la valeur exceptionnelle de l' Arcadia . Lors du combat, les pirates ont fait une prisonniere. Nurem est interrogee par Albator mais en dehors d'intimidations a la gloire des Sylvidres, l'officier ne revele rien et prefere se faire exploser. Sur l' Arcadia , tout le monde pense que Tadashi a un tres gros appetit mais c'est parce qu'il heberge dans ses quartiers une passagere clandestine avec laquelle il se lie d'amitie.

Une seconde sphere s'est posee sur Terre. Cette sphere est comme une gigantesque serre. Apres analyse, l' Arcadia y penetre. Shizuka Namino est decouverte par Miime qui est plus tard retrouvee a terre par Kei. Albator ne blame pas Tadashi et l'invite a l'accompagner dans l'exploration a la surface de l'interieur de la sphere. Ils y croisent Shizuka qui est en realite une Sylvidre. Touchee par Tadashi, elle est prete a lui reveler certains secrets mais n'a pas le temps de parler. La sphere est brisee. L'atmosphere reprend ses droits et la vegetation sylvidre se consume, emportant avec elle la jeune Shizuka Namino. De retour sur l' Arcadia , Albator fait un reve etrange. Il est reveille en sursaut par Miime. Ensemble, ils se rappellent leur premiere rencontre : sur une petite planete pres d'Antares, Albator rencontre Miime, la derniere survivante de sa race. Il lui offre du brandy. Elle se sentait seule et il la prit a son bord ^{[ 3 ]} . Deux aviscoops sont envoyes explorer une epave d'un vaisseau sylvidre. Albator et Tadashi sont finalement attaques par l'epave qui au bout du combat en devient reellement une. Un des debris ramenes a bord de l' Arcadia revele que les Sylvidres semblent etre venues sur Terre il y a tres longtemps.

L' Arcadia croise un vieux modele de croiseur terrien, le Queen Emeraldas ^{[ 4 ]} . Albator se souvient et Miime pleure se rememorant la mort de Toshiro et d' Emeraldas , leurs amis pirates. Albator ordonne que le vaisseau face route vers l'Ile aux pirates. Il s'y rend seul. La-bas, Emeraldas l'attend. Ils se rendent sur la plage holographique et Emeraldas se denude pour s'y baigner, invitant Albator a la rejoindre. Le capitaine l'abat sans broncher. Cette fausse Emeraldas se revele etre un piege des Sylvidres mais le mal est fait. Albator est en colere. Les Sylvidres ont profane le souvenir de ses amis disparus. Il ordonne que l' Arcadia detruise l'Ile aux pirates et s'eloigne vers d'autres combats.

Le voyage est long. L'equipage de l' Arcadia se donne a son passe-temps favoris : se saouler. Une projection de Mezon , une emissaire de la reine Sylvidra , vient delivrer un message menacant a Albator qui n'est pas du tout intimide. L' Arcadia se debarrasse du vaisseau comportant l'emetteur et Mezon disparait. Plus tard, les pirates reperent une escadrille en V qui vient a leur rencontre. Albator est un grand stratege. Il se debarrasse rapidement de la plupart des vaisseaux de l'escadron sylvidre. Ils abordent un des vaisseaux et decouvrent qu'il est inoccupe, excepte le piste de pilotage ou une Sylvidre inanimee est connectee au reste du vaisseau, tout comme un vaisseau central. Le docteur analyse la structure des Sylvidres qui est semblable a celui des plantes. A la suite de ce combat, Albator decide de retourner sur Terre pour s'occuper des Sylvidres qui y sont infiltrees.

Albator se rend chez le premier ministre pour l'informer de ses intentions de detruire les Sylvidres qui se sont infiltrees sur Terre. Ce a quoi s'oppose officiellement le premier ministre, mais qui ne fera rien pour l'en empecher. Les pirates commencent l'extermination des femmes-plantes. Tadashi doute du bien-fonde de cette extermination. Les detecteurs cible une forte concentration de Sylvidres en Amerique du Sud, sur le plateau de Nazca. Albator et Tadashi se rendent a un observatoire maya. Sylvidra ordonne que soit envoye le signal de regeneration et les Sylvidres, a l'etat vegetal, prennent forme humaine.

L' Arcadia envoie de la neige carbonique pour refroidir la zone, permettant a Albator et Tadashi de s'enfuir. De retour sur le vaisseau, Albator regarde la carte ou sont concentrees les Sylvidres. Il decouvre que les Sylvidres sont sur Terre depuis des milliers d'annees. L'analyse d'une poterie de la periode J?mon leur permettra d'en savoir plus mais le vaisseau doit utiliser toute sa puissance pour tirer le message cache dans cette poterie. Ils sont interrompus par une attaque dont ils sortent victorieux. Ils font une prisonniere : Hysterius , commandante de la 7 ^e  escadre de la base perpetuelle d'operation des Sylvidres qui se trahit rien qu'en revelant son matricule. Albator la laisse ensuite s'en aller.

Grace aux informations recoltees a la suite de l'analyse de la poterie, l' Arcadia se rend sur Venus qui semble etre l'un des anciens postes avances des Sylvidres. Il y decouvre une jungle en feu au centre de laquelle git un cratere dans lequel le vaisseau pirate plonge. Au fond, ils arrivent au sein d'une base gardee par des robots. Arrive au centre nevralgique de la base, Albator se retrouve face a une projection tridimensionnelle de Sylvidra. Elle lui propose un marche, mais Albator ne veut pas negocier. Il est determine a empecher les Sylvidres a s'en prendre a la Terre. Ils quittent la base non sans emporter plusieurs objets dont un livre. L'ordinateur calcule son age a 180 millions d'annees, a l'epoque des dinosaures. Lorsque l' Arcadia quitte Venus, Tadashi semble l'entendre chanter un hymne glorieux !

Miime prend une navette de son plein gre pour aller recuperer Tadashi. Lors de son sauvetage, elle decouvre qu'il n'est pas seul. Zoru, un soldat de la planete Tokaga est sur le point de mourir. Les trois occupants sont rapatries a bord de l' Arcadia . Tadashi et Zoru sont soignes. Remis de ses blessures, Zoru explique a Albator que sa planete a ete asservie par les Sylvidres et qu'il est devenu leur esclave sous la contreinte, pour que sa famille ne soit pas tuee. Il donne ensuite d'autres indications pour intercepter l'armada sylvidre puis se fait exploser pour ne pas perdre la face.

Les pirates demontent le vaisseau de Zoru car ce dernier leur a dit qu'un appareil cosmographique y est place. L'ordinateur commence l'analyse mais sa puissance n'est pas suffisante. Albator decide de se rendre sur "L'ilot de l'ombre de la mort", un autre repere du pirate. Dans l'ilot se trouve une base sophistiquee avec une plage et une mer artificielles. L'equipage en profite pour s'y baigner et s'y detendre. L'analyse de l'appareil cosmographique revele que l'avant-garde de l'armada sylvidre est gigantesque. Apres cette decouverte, Albator demande a Yattaran de combler les manques du livre de recensement des 40 hommes d'equipage de l' Arcadia . Tadashi en profite pour demander quel est son poste exact. Il est choque d'etre assistant de Yuki… une femme. Il est pourtant vice-commandant. Les techniciens du vaisseau en profitent pour ameliorer les performances du vaisseau. L' Arcadia quitte l'Ilot de l'ombre morte arme jusqu'aux dent pour affronter l'armada sylvidre.

A la croisee de Mars, les pirates constatent qu'une autre sphere va s'ecraser sur la planete rouge. Les analyses demontrent qu'il s'agit d'un autre emetteur pour l'armada ennemie, ce qui permet aussi d'affiner les calculs pour intercepter les Sylvidres. Le vaisseau est ensuite scanne par les ennemies, dont les senseurs comptent 42 hommes d'equipage. Or, il en denombre 41, Albator y compris. Les Sylvidres repetent leurs analyses mais n'arrivent pas a determiner qui est ce 42 ^e  homme d'equipage. Il s'avere qu'il s'agit de l'ordinateur central du vaisseau qui est mu d'une conscience. L' Arcadia est attaque par une navette sylvidre qui lance un projectile a proximite de l'ordinateur. Kei et Tadashi sont charges de l'intercepter. Jojibell , commandante de la patrouille de reconnaissance d'assaut des sylvidres, est ramenee au sein de l' Arcadia et est interrogee par son capitaine. L'interrogatoire est sterile et Albator decide de la laisser partir ; entre-temps, Yattaran a demonte l'engin. Jojibell demande ensuite a parler a Kei. Elle la felicite pour sa "mauvaise manœuvre" qui a permis a Tadashi de la capturer, afin de lui donner confiance en lui. Jojibell est touchee par les sentiments humains et promet d'en referer aupres de sa reine. Jojibell s'eloigne de l' Arcadia pour aller retrouver les siens.

Apres une courte periode d'accalmie, l' Arcadia est en proie a une nouvelle menace : il croise une serie d'asteroides qui semble bombarder leur position. L' Arcadia se defend mais le contre-coup n'est pas sans dommages. Pourtant, une seconde salve de 38 asteroides approche de l' Arcadia au sein de laquelle se cache des vaisseaux tokaguiens. Tadashi, de son propre chef, prend un aviscoop pour partir a la rencontre des vaisseaux mais il est capture. L' Arcadia suit Tadashi et ses ravisseurs et arrive a proximite de la planete Tokaga. Le passage de la ceinture d'asteroide met le vaisseau en difficulte. Arrive dans l'atmosphere, l' Arcadia est attaque par des patrouilleurs tokaguiens. Ils poursuivent la route qui les meneront a Tadashi a travers la mer au fond de laquelle ils decouvrent des centaines de pyramides englouties. Au milieu de ce champ de pyramides se trouve une plus grosse. Une ouverture permet a l' Arcadia d'y penetrer. C'est la qu'est Tadashi.

La decouverte des semences sylvidres ont seme le trouble au sein de l' Arcadia . L'equipage du vaisseau fait une pause sur l'ilot de l'ombre morte mais deux Sylvidres qui s'etaient posees par hasard sur l'ilot pour jouer au ballon decouvrent un passage et penetrent a l'interieur. Yattaran est charge de les eliminer. Eliminer deux innocentes qui sont emerveillees par la plage a l'interieur de l'ilot. L' Arcadia met ensuite le cap pour Heavy Melder.

Sur Terre, le premier ministre est informe d'une decouverte etonnante : un bloc de glace dans lequel sont enfermes des femmes. Les recherches montrent que la Terre est bel est bien envahie par la vegetation. L' Arcadia arrive sur Heavy Melder pour rendre un hommage sur la tombe de Toshiro a cote de laquelle git le Death Shadow ^{[ 5 ]} . Les hommes d'equipage sont au sol et les trois femmes sont restees sur l' Arcadia ou elles ont decide de se prendre une cuite. Alors qu'Albator s'adresse a son ami sur sa tombe, le reste de l'equipage arrive dans une ville qui semble etre Gun Frontier. Il entre dans un saloon pour y faire la fete. Albator les rejoint. Au fond du saloon, une femme est attablee. Albator s'approche d'elle. C'est Sylvidra. Elle est venue pour lui parler. Des vaisseaux sylvidres approchent de l'atmosphere de Heavy Melder. L' Arcadia part les combattre sans s'occuper des trois femmes a bord qui sont ivres. Yattaran apprend a Albator que l' Arcadia est attaque. Il pense a une ruse de Sylvidra mais cette derniere n'est pas au courant. L' Arcadia detruit les vaisseaux sylvidres et Sylvidra s'en va. De retour a Gun Frontier, Albator trouve le corps d'une officier sylvidre abattue. Probablement celle qui a trahi Sylvidra en attaquant l' Arcadia alors qu'elle parlementait. L' Arcadia quitte Heavy Melder non sans rendre un dernier hommage a Toshiro.