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NAMD
(
N
ot (just)
A
nother
M
olecular
D
ynamics program)
[
1
]
es un software para
dinamica molecular
en paralelo disenado para simulaciones de alto desempeno de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002.
[
2
]
Esta basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en comodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentacion grafica molecular
VMD
para configurar la simulacion y analizar las trayectorias, siendo tambien parcialmente compatible con
AMBER
,
CHARMM
y X-PLOR.
Vease tambien
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Referencias
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