NAMD ( Na noscale M olecular D ynamics program ) ^[3] ist ein Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse, das an der University of Illinois at Urbana-Champaign als Kooperationsprojekt zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird. Eine Besonderheit von NAMD ist das zugrunde liegende parallele Programmiermodell Charm++ , das vom Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird und NAMD eine Skalierung bis zu mehreren zehntausend Prozessoren erlaubt.

NAMD wurde vom Biophysiker Klaus Schulten und den Informatikern Robert Skeel und Laxmikant V. Kale entwickelt.

NAMD selbst bringt im Gegensatz zu GROMACS , AMBER oder CHARMM kein eigenes Kraftfeld mit. Jedoch werden die Kraftfelder der genannten drei Softwarepakete unterstutzt und konnen fur Simulationslaufe relativ einfach eingebunden werden. Als Standardkraftfelder dient NAMD dabei das CHARMM-Kraftfeld, wobei alle Versionen unterstutzt werden. Die Kompatibilitat zu mehreren Kraftfeldern erlaubt es, ein weit großeres Feld an Molekulen berechnen zu konnen als mit einem einzigen Kraftfeld moglich ware, da nicht in jedem Kraftfeld immer dieselben Molekule parametrisiert sind.

• Offizielle Website ( englisch )

1. ↑ NAMNAMD 2.14 Announcement. Abgerufen am 25. Februar 2022 (englisch).  
2. ↑ Software Downloads: Version 2.12 (2016-12-22) Platforms. Abgerufen am 16. Januar 2017 (englisch).  
3. ↑ James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, Klaus Schulten: Scalable molecular dynamics with NAMD . In: J Comput Chem . Band   26 , Nr.   16 , 2005, S.   1781?1802 , doi : 10.1002/jcc.20289 , PMID 16222654 .