사실상(事實上) 스토리가 가볍다 못해 플롯이 없는 수준(水準)이다.
에그맨이 웬일로 일반인(一般人) 대상(對象)의
놀이공원(놀이公園)
을 지었다는 소식(消息)을 들은 소닉 일행(一行)은 궤도(軌道) 엘리베이터 끝에 위치(位置)하는 '에그 플래닛 파크'로 이동(移動)한다. 예상(豫想) 외(外)로 본격적(本格的)인 분위기(雰圍氣)에
소닉
도 놀랐지만, 에그맨의 로봇들이 잡으려고 하는
정체불명(正體不明)의 외계인(外界人)들
을 만나면서 이야기가 시작(始作)된다.
테일즈
가
자신(自身)의 컴퓨터
를 개조(改造)하여 만든 번역기(飜譯機)를 통해 소닉은 외계인(外界人)들의 이야기를 조금씩 알아듣게 되고, 총(總) 3개(個)의 스테이지를 클리어하면 에그맨이 이 '위스프'라 불리는 외계인(外界人)을 이용(利用)해 무슨 일을 꾸미고 있는지 조금씩 드러난다. 위스프들의 체내(體內)에 저장(貯藏)된 에너지 'Hyper Go-on'을 동력(動力)으로 하는
마인트 컨트롤 캐논
을(乙) 지구(地球)에 발사(發射)하는 것이 그의 최종(最終) 목표(目標). 실제로(實際로) 테일즈가 이것에 한 번(番) 당(當)해서 소닉을 공격(攻擊)할 뻔했으나,
에그 모빌
에 저장(貯藏)된 에너지가 부족(不足)하여 금방(今方) 해제(解除)되고 끝났다. 참고(參考)로 체내(體內)에서 에너지를 추출(抽出)당한 위스프는
다크 위스프
(북미(北美)에서는 네가 위스프)라는 돌연변이(突然變異)가 되며, 퍼플 위스프와 바이올렛 위스프가 이에 해당(該當)한다.
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이러한 에그맨의 계획(計劃)을 막기 위해 소닉은 일단(一旦) 모든 놀이공원(놀이公園)에 붙어있는 제너레이터를 파괴(破壞)하기로 마음먹는다.
나중에 번역기(飜譯機)의 도움을 받아 더 알아낸 정보(情報)에 의(依)하면, 플래닛 위스프를 포함(包含)한 에그 플래닛 파크의 행성(行星)들은 전부(全部)
머나먼 우주(宇宙)에서 에그맨이 통째로 소환(召喚)한 것.
각(各) 행성(行星)의 제너레이터는 각(各) 행성(行星)을 연결(連結)하는 체인 빔을 유지(維持)하는 역할(役割)을 하며, 이를 파괴(破壞)하면 행성(行星)들은 정상(正常)으로 돌아갈 수 있는 것이다.
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이후(以後) 소닉은 애스터로이드 코스터의 중심부(中心部)에서 위스프들의 에너지를 추출(抽出)하는 공장(工場)을 발견(發見)하고, 보스를 격파(擊破)하여 마지막 제너레이터를 정지시킨다. 그러나 에그맨은 이미 마인드 컨트롤 캐논의 에너지를 충분히(充分히) 확보(確保)하였고, 결국(結局) 지구(地球)를 향(向)해 발사(發射)하는 손잡이를 작동(作動)시킨다. 그런데 캐논은 소닉이 트로피컬 리조트에서 격파(擊破)한 첫 번째(番째) 보스
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의 팔이 박혀 망가진 상태(狀態)였다. 결국(結局) 포신(砲身)이 폭발(爆發)함에 따라 세뇌(洗腦) 광선(光線)은 지구(地球)로 발사(發射)되지 않았으며, 캐논의 에너지는 달을 비롯한 주변(周邊)의 천체(天體)로 흩어진다. 이 때 에그 플래닛 파크 역시(亦是) 에너지의 폭발(爆發)에 말려들기 시작(始作)한다.
소닉과 테일즈는 지구(地球)로 돌아가기 위해 궤도(軌道) 엘리베이터로 향(向)하지만, 닥터 에그맨이 그들의 앞을 가로막는다. 소닉은 테일즈를 궤도(軌道) 엘리베이터에 태워 지구(地球)로 먼저 보낸 뒤, 위스프들의 에너지가 충전(充電)된 에그맨의 메카 '에그 네가 위스프'를 격파(擊破)한다. 이후(以後) 마인드 컨트롤 캐논이 일으킨 에너지의 폭발(爆發)에 휩쓸리는데, 위스프들이 소닉을 지구(地球)로 데려다 준 덕분(德分)에 생존(生存).
참고(參考)로 소닉이 제너레이터를 정지시키는 판국(판局)에 에그맨이 마인드 컨트롤 캐논을 완충(緩衝)할 수 있었던 것은 위스프들의 창조주(創造主)인
마더 위스프
를 잡아 그녀(그女)의 거대(巨大)한 에너지를 탈취(奪取)했기 때문이다. 에그맨이 완전히(完全히) 격파(擊破)된 시점(時點)에서 다크 위스프로 돌변(突變)한 그녀(그女)가 소닉과 테일즈 앞에 나타나고, 마침
카오스 에메랄드
를 모두 가지고 있던 소닉은 슈퍼화(化)하여 그녀(그女)를 원래(元來)대로 돌려놓는다. 이후(以後) 본모습(本모습)으로 돌아온 마더 위스프는 자식(子息)들을 데리고 본래(本來) 살던 곳으로 돌아가며 게임은 막(幕)을 내린다. 이 이벤트는 DS판(版)에서만 나오며 Wii판에서는 언급(言及)되지 않는다.