祖籍 福建省 ?州府 詔安縣 ，? 福?客家人 ，虎尾初中、 臺中一中 畢業，當時家境辛苦，?了早點?錢養家，他考入 臺北工專 土木系，但家人反對。於是他又以第二名考入 國立臺灣大學 公共衛生 系，學士畢業後，考取同系?究所就讀。在?究所期間由於受到《 臺灣時報 》邀請，擔任醫藥新聞記者，認識 黨外 活動?積極參與。 美麗島事件 發生後，李應元投入 反威權 運動。1980年獲得碩士學位後負?美國，?且於1981年取得 美國 哈佛大學 醫療管理碩士；在美國期間與 洪哲勝 、 郭倍宏 等人相識，於1982年成立 北美洲 台灣學生社 ，?且在洪哲勝的介紹下於1983年加入 臺灣獨立建國聯盟 ，擔任雜誌《臺灣學生》發行人。之後由於出任全美臺灣同?會總幹事，被 國民黨政府 列入「 黑名單 」而無法返國。

1988年李應元取得美國 北?羅萊納大學?堂山分校 醫療經濟學 博士 ，?任?於 南達科他大學 ；次年雖然得到 國立臺灣大學 的聘書，但因?被 國民黨政府 列入 黑名單 而無法返國任?。

1990年李應元接下 臺灣獨立建國聯盟 （臺獨聯盟）副主席一職，一心想回台灣，便以「闖關」、「?牆」等方式返?。 謝長廷 當立法委員時，李應元冒著危險，衝破 黑名單 禁令從美國 ?渡 回到臺灣，突然聯絡說要到立法院?究室?他，謝長廷稱：「坦白說那時?他不熟，也不知道他是否被監控，冒然見面，對雙方都有法律風險」；「不過他?然相信我，我也義不容辭答應，經過安排。他穿上我的綠色西裝，我穿著他的外套在立法院一起拍照，成功挑戰黑名單，振奮人心」。而後他也到 陳水扁 臺北市 民生東路 的住家拜訪陳水扁。 ^[3] 李應元在 中華民國總統府 等重地照相，?投稿 黨外 雜誌，挑戰政府。當時，李應元計?在蔡同榮籌辦的908公投大遊行公開現身，?被情治人員拘捕，關押於臺北 土城看守所 ，因而成名；後來 李?源 、 林山田 、 陳師孟 等發起「100行動聯盟」，經過多場和平抗爭之後，推動 刑法一百條 的修正， 總統 李登輝 也從中協助，於是主張 臺獨 者不再成? 叛亂罪 起訴的對象，李應元於1992年5月出獄。

1995年，定居 臺北縣 （今 新北市 ），?在 新莊 、 泰山 參選第三屆 立法委員 ，當選，?於1998年連任。

2000年，陳水扁當選總統後，任李應元?駐美副代表。駐美期間表現頗佳，被民進黨內人士稱?「天生的 外交官 」、「美國通」。 ^[4]

2002年2月， 游錫?內閣 成立時，入閣擔任 行政院秘書長 。 謝長廷 組閣 後，又被延攬入內閣，再次擔任 行政院秘書長 。

2002年6月25日受民進黨徵召參選臺北市市長，提出「取消建築高度限制。讓臺北亮起來、 松山機場 一旦遷移， 中山區 、 松山區 都受益、興建巨蛋帶動商機、首都科學園的規劃」，多項政見主要針對各區發展現況的困境，期望透過新的市政規劃，讓各區有新的發展機會，被學者評?有創見，但是敗於 國民黨 提名的 馬英九 。

2004年2月28日（ 和平紀念日 、 二二八事件 紀念日）策動「 二二八牽手護臺灣 」活動，?行一場反對 中國大陸 部署的 飛彈 設施以及支持 反飛彈公投 活動，大約有200萬臺灣民?參與（主辦單位宣稱230萬，親藍媒體?計190萬） ^{[5] [6] [7] [8]} ，?以牽手方式排列成長約500 公里 的 人? 。北起 基隆市 和平島 ，南至 ?東縣 佳冬? ，是臺灣有史以來最大規模的運動，獲得?大好評，被稱?「小諸葛」、「李軍師」 ^[9] 。

2005年9月19日之後，由行政院秘書長轉任 勞委會 主任委員，取代 高捷泰勞暴動案 而下台的 陳菊 ，民進黨 總統大選 初選期間，?表態支持謝長廷，辭去 勞委會 主任委員一職。李應元於謝長廷代任民進黨主席期間，擔任民進黨秘書長，且身兼謝長廷競選總部執行總幹事。

2008年民進黨 敗選 以後，受 雲林縣 縣長 蘇治芬 之邀出任雲林縣副縣長。與此同時，蔡英文徵召李應元當民進黨秘書長，但李應元稱已經答應蘇治芬，?了信用，而婉拒了蔡英文。 ^[10] ，而後蘇治芬被指控貪?罪而收押，許多親近李應元的朋友勸李應元辭職回臺北，才不會影響仕途，李應元堅信蘇治芬無罪，?毅然決然留任且代理雲林縣縣長。

2012年1月14日，李應元在 2012年中華民國立法委員選? 當選 不分區立法委員 。

2013年，李應元參加民進黨雲林縣縣長黨內 民調 初選，電話民調支持度於角逐者中排行第三。

2014年，李應元受邀參與臺北市市長候選人 柯文哲 競選團隊，擔任團隊黨政平臺秘書長。

2016年4月12日，被內定 閣揆 林全 延攬?新任行政院環境保護署署長，於5月20日辭去立法委員，進入 林全內閣 。

2016年12月8日提出新版 空氣品質指標 ，接軌國際標準?。2017年11月30日，行政院環境保護署署長李應元表示若2018年5月20日時PM2.5紅色警戒（AQI大於150） ^[11] 之日數減量未達20%，會提辭呈負起政治責任。 ^[12]

李應元擔任行政院環境保護署署長時，曾被敵對人士攻擊?「 無神 署長」、「滅香殺手」，說李應元?將「禁止宮廟燒香、燒金」，憤慨的民?因而投訴連連 ，甚至 示威 、 陳情 。李應元對此公開澄?「滅香一事，子虛烏有」，是「減香」而不是「滅香」；只要他說過要過去或未來有提到「滅香」，就算是口誤，他都下台請辭負責。 ^[13] 他自己每天早?都向神明「燒一炷香」。李應元公開表示，?了環境保護，他提倡 線香 ? 紙錢 「燒少一點、燒好一點」，拜拜時燒好品質的香?紙錢，對神佛? 祖先 、 地基主 、 好兄弟 才是有誠意，「畢竟 臺語 俗諺 說：今生有福報，是上輩子燒好香」。對於燒紙錢，他則說應該要購買「品質比較好的本土製品」，「不要燒痛祖先」，用 臺語 說：「燒一兩疊，而不要燒一兩車。」又說：「拜拜是講究心意，不是拜到 惡性通貨膨脹 的。」引來滿場笑聲。他說：「尤其 掃墓 燒太多紙錢，不注意滅火，非常危險，可能會造成山林大火。」所以他非常推薦「 ?明 祭祖 、 中元普渡 金紙集中焚燒」，政府都會禮聘 法師 主事，只要用 冥紙袋 將紙錢裝好，寫上祖先名諱或者「受供好兄弟」?可，方便又不失敬意。 ^{[14] [15]} 以 北港武德宮 ?首的許多廟宇?此政策，來到 凱達格蘭大道 ?行「 ?神上凱道 」的抗議活動 ^[16] 。李應元對此做出回應，到 ??龍山寺 、 ??祖師廟 與 松山奉天宮 燒香 禮佛 ，以表示其也是 臺灣民間信仰 虔誠的信徒，李應元說，他向天上的神明發誓，行政院環境保護署?無「滅香」，網路上都是不實的傳言，行政院環境保護署尊重民間信仰，但?了顧慮環境保護，希望寺廟以自主方式「減香」。 ^{[17] [18]} 經過媒體揭露，這些「禁止宮廟燒香、燒金」訊息大多是來自中國大陸的 假新聞 ^[19] 。

2018年12月3日，李應元因應 九合一選? 民進黨的頹勢，自行辭去行政院環境保護署署長一職，退隱山林。

2020年5月在 蔡英文 親自拜託之下，重出政壇，7月出任駐泰國大使（代表），李應元本欲婉拒，但?支持蔡英文的 新南向政策 ，決定出使 泰國 。

2021年8月因病請辭大使，總統府發布總統令准辭，8月26日返臺 ^{[20] [21]} 。

2021年10月14日網路媒體 ETtoday新聞雲 報導李應元於當天下午病逝消息，同日被 外交部 澄?消息錯誤，及後ETtoday新聞雲發表道?聲明 ^[22] ，同日 ?果新聞網 報導稱李應元於1年前罹患 ?臟癌 ，而相關症狀1年前就已出現 ^[23] 。

2021年11月11日傍?，病逝於 台大醫院 ，享壽68歲。 ^[24] 李應元胞弟李宗明代表家屬表示，李應元生前就已經交代，因追隨 聖嚴法師 ，且響應 環境保護 ，將?進聖嚴法師的環保理念， 植存 於 金山區 法鼓山 環保生命園區。

2021年11月30日?行家祭。婉謝各界花圈、花籃等，僅於法鼓山中華佛?文化館設置蓮位供追思及參拜 ^[25] ，因 COVID-19疫情 嚴峻及家屬謹遵李應元生前意願，一切從簡，僅家祭無公祭。 ^[26]

2021年12月2日下午，追隨已故的聖嚴法師?步，植存於法鼓山金山環境保護生命園區。 ^[27]

李應元學問淵博，涉獵科學、醫學、歷史、宗?、政治、文學、哲學等，他熟讀的書有 愛因斯坦 的《 相對論 》； 鈴木大拙 的《禪的?究》、《中國古代哲學史》； 約翰·克爾文 的《 基督?要義 》、《 海德堡要理問答 》； 錢復 《錢復回憶錄》、 毛澤東 《 毛澤東詩詞 》等。尤其對 甘地 、 曼德拉 、 金恩 等 民權 ?士的著作、思想皆瞭若指掌。李應元喜歡 老莊 、 佛法 哲學，他時常背誦 老子 《 道德經 》：「將欲?之，必固張之；將欲弱之，必固?之；將欲廢之，必固興之；將欲奪之，必固與之，是謂微明。柔弱勝剛?。魚不可脫於淵。國之利器，不可以示人。」因此凡事柔和，身段柔軟。也能背誦《 莊子 》：「吾以天地?棺槨，以日月?連璧，星辰?珠璣，萬物?齎送，吾葬具豈不備邪？何以加此？」對於莊子放棄墳墓，李應元也認?人終將一死，珍惜當下，享受生命，做好應該做的事才對。李應元信奉佛法，對 禪宗 有?究，追隨 法鼓山 聖嚴法師 禪修 ，能背誦《 金剛經 》，他引用《金剛經》說，「凡所有相，皆是虛妄。若見諸相非相，則見如來。」生命本來就是 無常 ，不應該執著於 外相 。 ^[28]

李應元的一生波瀾迭起，其對 臺灣民主化 的努力、謙卑柔和的特質、歷任職位稱職的表現，他病逝後，被稱?「臺灣的人格者」、「天生的外交官」、「美國通」、「小諸葛」、「李軍師」、「萬能政務官」，甚至是「超級工具人」。

李應元與 謝長廷 交好，兩人在民主路上多次?手同行，謝長廷任 閣揆 時，李應元任 秘書長 ；謝長廷選總統時，李應元任總幹事；謝長廷參與 反核 運動等 社運 ，李應元都不離不棄的支持，因而公認李應元是 謝系 人馬，但李應元修養好，?人圓融，?各派系都有交情，民進黨內人士稱「人人好」（臺語：人人愛），李應元?人熱情，過目不忘，凡是見過兩次面，一定叫得出名字。李應元政壇歷練非常完整， 閣員 、 使節 、 國會 ，各種職缺都歷練過，手腕靈活，被譽?「萬能政務官」， 陳其邁 還?稱其?「超級工具人」。 ^{[4] [29] [30]}

民進黨在黨中全會?其追思。不分黨派的政治人物都對他充滿緬懷。 陳其邁 稱，李應元是謙謙君子，總笑?迎人，雖然對理念相當堅持、但總能以理服人，?來對手尊敬。 藍營 人士對李應元也幾無負面評價。 ^{[3] [31] [32] [33]}

褒揚令 ??

總統蔡英文於11月30日前往臺北市立第二殯儀館出席告別式，?親自頒發褒揚令，由遺孀黃月桂女士代表接受，褒揚令全文?：

外交部駐泰國前大使李應元，亮達朗潤，瑋器敏周。少歲卒業國立臺灣大學公共衛生學系?究所，旋負?遊美，獲哈佛大學醫療管理碩士?北?羅萊納大學醫療經濟學博士學位，?琢記聞，囊錐露穎。?返歷任四屆立法委員、行政院秘書長、雲林縣副縣長等職，審謀部會政策調處，體現地方民意需求，適時應務，洞若觀火。於掌執勞工委員會?環境保護署任內，打造「快樂勞動、循環經濟」願景，催生「臺灣勞工」刊物，力促勞動權益保障；嚴明職場安全維護，構築風險管理機制，復倡提資源永續利用，加速空氣品質改善；張拓綠色循環?念，踐履無塑海洋目標，折衝運箸，宵衣?食；謨深慮遠，胸臆自出。尤以出使美國副代表?駐節泰國期間，厚植臺美互信基礎，支持參與國際組織；協成對臺重大軍?，確守兩岸武備平衡，嗣?化臺泰醫衛交流，集結朝野友我能量；推升雙邊經貿關係，悉心商情媒合措置，壇?馳騁，榮邦睦誼，爰有「天生的外交官」令譽揚聲。?意鴻猷迭展，?以茂年驟逝，悼惜曷勝，應予明令褒揚，用彰俊?，而表遺徽。

總　　　統　 蔡英文 　　　　
行政院院長　 蘇貞昌 　　　　

李應元被捕的原因是「?上的?」。當時李應元已經在全台各地十四個月，他到 行天宮 附近的御書園餐廳與友人談事情，因心情放?而忘了遮蓋面容，當御書園中，客人愈來愈多、李應元察覺不對時，三個情治人員早已在他面前，指著他?上的?問：「?是不是李應元？」李應元從容答是，被押上警備車後，?不特別緊張，但?他的情治人員?在車上氣喘如牛。李應元了解情治人員的壓力大，甚至拿出口袋中的口香糖請他們吃，反過來安慰他們「我不會?難?們、我不會逃」。多年後李應元自嘲：「逃了一年多，我逃亡的時間比 陳進興 還久。」 ^{[34] [35]}

陳水扁認?李應元口才好，理性、溫和，手腕靈活，身段柔軟，是外交尖兵，曾想栽培李應元成?民進黨首位外交部部長，先讓他充當駐美副代表，再轉任正代表，累積資歷之後回國執掌外交部，可惜無法如願，但陳水扁相信這也是 佛祖 的安排。 ^[3]

李應元曾說， 雲林 是他的故?， 新莊 是他第二故?，是新莊人給他機會，他才能在 國會 殿堂中服務，打破不合理的 黨國體制 。李應元退隱?間時，常居於 新北市 金山區 ，享受耕讀生活，日日泡茶與 泡湯 。因此獲得「 農夫 」的綽號，讀書之餘，平常喜歡種些花花草草 ^{[36] [37]} 。

李應元與妻子黃月桂是臺大的班對，也是哈佛大學碩士班的同學，結婚多年，感情深厚，多半讓妻子?他理髮，「結髮妻子理髮」，??情深。 ^[38]

• 李心怡. 李應元：牛肉在這裡！ .新台灣新聞週刊.2002-11-19

• 李應元的Facebook專頁
• 台灣應元團的Facebook專頁
• YouTube上的李應元頻道