В 1970 году Исполком московского городского совета депутатов принял решение об Открытии Городская клиническая больница №31 на 450 коек.
Несмотря на то, что больница разместилась в перепрофилированном здании детской школы-интерната, с первых же месяцев работы она заявила о себе как о высокопрофессиональном коллективе.
В 1972 был введен типовой больничный корпус, в котором разместилась хирургическая клиника, где в качестве профессора работу возглавил д.м.н. Юрий Михайлович Панцирев, проректор МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова, а ныне член-корреспондент РАМН.
Постепенно все новые и новые виды медицинской помощи превратили больницу в многопрофильный стационар.
С первого года работы главврача Козака B.C. (1975 г.) в больнице получил старт конкурс ≪Лучший по профессии≫. Проведение таких конкурсов позволило самореализоваться не только профессиональному мастерству среднего медицинского персонала, но и многим другим граням способностей и талантов самоотверженных профессионалов своего дела.
С 1985 года по 1988 год сменилось несколько главных врачей. Все это время коллектив сплачивался и мужал, учился решать поставленные задачи и идти к намеченной цели.
В 1988 году на общем собрании коллектива больницы главным врачом был избран тогда еще аспирант Георгий Натанович Голухов.
Георгий Натанович проработал в больнице более 22 лет и создал, по сути, новое лечебное учреждение.
В 2012 году Георгий Натанович, будучи уже членом-корреспондентом РАМН, назначен на пост министра Правительства Москвы, руководителя Департамента здравоохранения г. Москвы, а главным врачом стала Римма Александровна Маслова, ранее заместитель главного врача по медицинской работе, глубоко уважаемый всем коллективом больницы врач с огромным лечебным и административным опытом работы. В настоящее время в должности главного врача трудится Ефремова Наталья Михайловна.
За 42 года работы больница претерпела значительные изменения. Весь коллектив был увлечен идеей не просто реконструкции, а преображением ≪своей≫ больницы и превратился в монолит, способный выдержать любые испытания. А трудностей было немало.
Но все было преодолено, и десять лет целеустремленного труда ознаменовались успешным завершением реконструкции: лечебный корпус (№2) на 120 коек был введен в строй в 1998 году. А к Новому 2000 году (на рубеже тысячелетий) был выстроен пищеблок и административный корпус. С самого начала задуманный с размахом и творческим полетом медицинский комплекс предполагал нечто необычное, поражающее своей новизной и нестандартностью.
И вот вырос корпус ? жемчужина Плана реконструкции, утвержденного в апреле 1992 года ? Главный, он же ? Первый хирургический. Его архитектура, планировка, а главное ?техническое вооружение в едином ансамбле и сочетании представляют собой новое достижение в строительстве учреждений здравоохранения. С введением этого корпуса в 2001 году современный, аргументированный временем и эпохой и, одновременно, амбициозный проект ≪Клиника XXI века≫ получил свое реальное воплощение. Вслед за первым корпусом вступил в строй корпус №3 ? лабораторно-диагностический.
К сорокалетию мощность больницы возросла с 350 коек до 652. Больница насчитывала 14 клинических, 11 параклинических отделений и кабинетов, 3 отделения интенсивной терапии и реанимации, патолого- анатомическое отделение (ПАО), прекрасный оперблок, кабинеты: переливания крови, РХМДЛ, дистанционной липотрипсии, функциональной диагностики, ультразвуковой диагностики; отделы АСУ, МИС, контроля за использованием медицинской техники и метрологии, а коллектив сотрудников составлял 802 человека (в том числе 190 врачей и 417 медицинских сестер). Среди них 10 докторов медицинских наук, в т.ч. член-корреспондент РАМН, 7 профессоров и 67 кандидатов медицинских наук.
На сегодняшний день больница обладает значительным научным и практическим потенциалом. Она служит клинической базой для девяти кафедр 4 вузов: РНИМУ им. Н.И. Пирогова, РУДН им. Патриса Лумумбы, ММА им. И.М. Сеченова и МГУ им. М.В. Ломоносова.
Содружество науки и лечебного процесса лежит в основе деятельности больницы. В сознании коллектива больницы глубоко укоренилось понятие ≪клиника≫, объединяющее сотрудников кафедр и больницы в один сплоченный коллектив. Повседневная рутинная работа врача превращается в творческий интересный процесс; молодые специалисты постоянно вовлекаются в научные исследования. Существует немало областей медицины, где многие годы сохраняется приоритет за ГКБ №31. Впервые именно в 31 больнице была выполнена лапароскопическая операция в гинекологии, сделано первое вмешательство на желчных протоках (эндоскопическая ретроградная панкреатохолангиография).
Лучшей многопрофильной клиникой Москвы в номинации ≪Медицинское учреждение года≫ за 2011 год была признана Московская городская клиническая больница №31.