Une fois de plus, Skipper, Kowalski, Rico et Private, dictent leur loi a l'interieur du zoo de Central Park. Afin de pouvoir garder leur voisinage heureux, les pingouins doivent parfois s'aventurer dans la jungle new-yorkaise afin de ramener de nouvelles trouvailles qui pourront les aider a preserver leur tranquillite. Mais alors que les quatre freres pensent avoir un controle absolu sur les autres animaux, un nouvel arrivant fait son apparition : Julien, le roi des lemuriens, dote d'un ego surdimensionne, il passe ses nuits a faire la fete avec ses copains. Exaspere, les pingouins vont devoir rivaliser de nouveaux stratagemes pour recuperer leur territoire.