Genetik materyali
RNA (
ribonukleik asit
) olan viruslere
RNA virusu
denir.
[1]
Nukleik asitleri genellikle tek iplikcikli RNA (tiRNA) yapısındadır ancak cift iplikcikli olanlar da mevcuttur (ciRNA).
[2]
Onemli insan hastalıklarına neden olan RNA viruslerine ornekler:
ebola virusu
,
SARS
, nezle, grip,
hepatit C
, batı nil virusu, cocuk felci ve kızamık.
UAVTK
sınıflandırmasındaki RNA virus aileleri,
Baltimor sınıflandırmasında
Grup III
,
Grup IV
ve
Grup V
'in altında yer almaktadırlar,
[3]
genetik materyal olarak RNA barındıran ancak replikasyonda aracı olarak DNA kullanan virusler (
Retrovirus
) ise
Grup VI
'da yer alırlar.
Retrovirusler
haricindeki tum RNA viruslere ribovirus de denilmektedir.
[4]
Tek iplikcikli RNA virusleri ve RNA yonelimi
[
de?i?tir
|
kayna?ı de?i?tir
]
Tek iplikcikli RNA virusleri genom yonelimlerine (polarite) gore de alt gruplara ayrılırlar, bunlar
pozitif yonelimli
,
negatif yonelimli
ya da cift yonelimli (ambises) olabilmektedirler. Pozitif yonelimli RNA,
mRNA
'ya benzer ve bu nedenle
konak
hucre ribozomları tarafından do?rudan okunabilir. Negatif yonelimli RNA ise mRNA'nın tamamlayıcısıdır, konak hucre ribozomlarının okuyabilmesi icin RNA polimeraz enzimi tarafından pozitif iplikci?e donu?turulmesi gerekir. Pozitif yonelimli RNA'ya enfektif RNA'da denmektedir.
Ambisens
RNA virusleri, pozitif iplikcikli genlere cevirmek dı?ında negatif yonelimli RNA viruslerine benzerler.
[5]
Cift iplikcikli RNA virusleri, viruslerin cok geni? konak aralı?ına sahip (insan, hayvan, bitki, mantar ve bakteri), genom segment sayısı birden onikiye kadar de?i?ebilen ve virion organizasyonu (T-sayısı, kapsid katmanları ya da taretleri) farklı bir grubunu temsil eder. Bu grubun icinde rotavirusler de dahil olmak uzere onemli bircok patojen virusler yer almaktadır.
[6]
[7]
tek iplikcikli ters transkripsiyonlu RNA virusleri
[
de?i?tir
|
kayna?ı de?i?tir
]
Bu grupta
Retrovirusler
yer alır. Bu viruslerin genomları
diploit
yapıdadır (tek iplikcikten iki adet barındırır). Relikasyonda RNA
ters transkripsiyon
(RNA'ya ba?ımlı DNA polimeraz) enzimi vasıtasıyla DNA'ya donu?turulur. Bu DNA konak hucre genomuna entegre olabilmektedir (profaj).
[
kaynak belirtilmeli
]
RNA viruslerinin
mutasyon
oranları
DNA viruslerine
oranla cok daha fazladır, bunun nedeni
DNA polimeraz
enziminin hata duzeltme kabiliyetinin olmasıdır.
[8]
[9]
Bu durum RNA viruslerine kar?ı etkili a?ı geli?tirme cabalarını zorla?trmaktadır.
[10]
Retrovirusler yuksek mutasyon oranlarına sahip olmalarının yanı sıra, aracı DNA ile konak genomuna entegre olabilmektedirler (ve boylece konak DNA'sının hata duzeltme sisteminden faydalanırlar).
[11]
Bazı RNA viruslerinde replikasyon dongusunu etkileyecek mutasyonlar tolere edilemez. Orne?in, hepatit C virusu genomunun kor proteinlerini kodlayan bolgeleri yuksek oranda korunur,
[12]
cunku bu kısım dahili
ribozom
giri? sahasını kapsayan RNA yapısını icerir.
[13]
On bir aile, belirlenmemi? cinsler ve turlerin tanımlandı?ı bir gruptur.
[8]
- Aile Amalgaviridae
- Aile Birnaviridae
- Aile Chrysoviridae
- Aile Cystoviridae
- Aile Endornaviridae
- Aile Hypoviridae
- Aile Megabirnaviridae
- Aile Partitiviridae
- Aile Picobirnaviridae
- Aile Reoviridae?Rotavirus dahil
- Aile Totiviridae
- Aile Quadriviridae
- Belirlenmemi? turler:
- Botrytis porri RNA virus 1
- Circulifer tenellus virus 1
- Cucurbit yellows associated virus
- Sclerotinia sclerotiorum debilitation-associated virus
- Spissistilus festinus virus 1
Grup IV?pozitif yonelimli tiRNA virusleri
[
de?i?tir
|
kayna?ı de?i?tir
]
Bu grup altında uc takım ve 33 aile tanımlanmı?tır. Bunun yanında sınıflandırılmamı? turler ve cinsler de bulunmaktadır.
- Takım Nidovirales
- Takım Picornavirales
- Aile Dicistroviridae
- Aile Iflaviridae
- Aile Marnaviridae
- Aile Picornaviridae?
Poliovirus
, Rhinovirus (
nezle
virusu),
Hepatitis A
virusu dahil
- Aile Secoviridae, Comovirinae alt ailesi dahil
- Cins Bacillariornavirus
- Cins Dicipivirus
- Cins Labyrnavirus
- Cins Sequiviridae
- Tur Kelp fly virus
- Takım Tymovirales
- Aile Alphaflexiviridae
- Aile Betaflexiviridae
- Aile Gammaflexiviridae
- Aile Tymoviridae
- Belirlenmemi?:
- Aile Alphatetraviridae
- Aile Alvernaviridae
- Aile Astroviridae
- Aile Barnaviridae
- Aile Benyviridae
- Aile Bromoviridae
- Aile Caliciviridae ?
Norwalk virusu
dahil
- Aile Carmotetraviridae
- Aile Closteroviridae
- Aile Flaviviridae ?
Sarıhumma
virusu,
Batı Nil virusu
, Hepatit C virusu,
Deng humması
virusu,
Zika virusu
dahil
- Aile Fusariviridae
- Aile Hepeviridae
- Aile Leviviridae
- Aile Luteoviridae ? Arpa sarı bodur virusu dahil
- Aile Narnaviridae
- Aile Nodaviridae
- Aile Permutotetraviridae
- Aile Potyviridae
- Aile Togaviridae ?
Kızamıkcık
virusu, Ross Nehri virusu, Sindbis virusu, Chikungunya virusu dahil
- Aile Tombusviridae
- Aile Virgaviridae
[14]
- Belirlenmemi? cinsler:
- Cins
Blunervirus
- Cins
Cilevirus
- Cins
Higrevirus
- Cins
Idaeovirus
- Cins
Negevirus
- Cins
Ourmiavirus
- Cins
Polemovirus
- Cins
Sobemovirus
- Belirlenmemi? turler:
- Acyrthosiphon pisum virus
- Blueberry necrotic ring blotch virus
- Chara australis virus
- Extra small virus
- Jingmen tick virus
- Le Blanc virus
- Nylanderia fulva virus 1
- Orsay virus
- Plasmopara halstedii virus
- Rosellinia necatrix fusarivirus 1
- Santeuil virus
- Solenopsis invicta virus 2
- Solenopsis invicta virus 3
- Uydu virusler
- Chronic bee paralysis associated satellite virus
Bu grup altında bir takım ve 8 ailetanımlanmı?tır. Ayrıca belirlenmemi? cinsler ve turler de bulunmaktadır.
- Takım
Mononegavirales
- Aile Bornaviridae?Borna disease virus
- Aile Filoviridae?includes
Ebola
virus, Marburg virus
- Aile
Paramyxoviridae
?includes
Measles
virus,
Mumps virus
, Nipah virus, Hendra virus, RSV and NDV
- Aile Rhabdoviridae?includes
Rabies
virus
- Aile Nyamiviridae?includes Nyavirus
- Belirlenmemi? aileler:
- Belirlenmemi? cinsler:
- Cins
Deltavirus
?includes Hepatitis D virus
- Cins
Dichorhavirus
- Cins
Emaravirus
- Cins
Nyavirus
[15]
?includes Nyamanini and Midway viruses
- Cins
Tenuivirus
- Cins
Varicosavirus
- Belirlenmemi? turler:
- Sclerotinia sclerotiorum negative-stranded RNA virus 1
Source:
[8]
Mantar viruslerinin co?unlu?u ciRNA virusleridir. +RNA viruslerinin az bir kısmı tanımlanmı?tır.
[16]
?nsanlarda hastalık yapan sarmal RNA virusleri aynı zamanda zarflıdır.
[
kaynak belirtilmeli
]
- ^
MeSH
16 Haziran 2010 tarihinde
Wayback Machine
sitesinde
ar?ivlendi
., retrieved on 12 April 2008.
- ^
Patton JT (editor). (2008).
Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology
. Caister Academic Press.
ISBN
978-1-904455-21-9
. 25 Ekim 2016 tarihinde kayna?ından
ar?ivlendi
. Eri?im tarihi: 11 A?ustos 2016
.
- ^
"Listing in Taxonomic Order?Index to ICTV Species Lists"
. 6 Kasım 2009 tarihinde kayna?ından
ar?ivlendi
. Eri?im tarihi:
11 Nisan
2008
.
- ^
Drake JW, Holland JJ (Kasım 1999).
"Mutation rates among RNA viruses"
.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
.
96
(24). ss. 13910-3.
doi
:
10.1073/pnas.96.24.13910
.
PMC
24164
$2
.
PMID
10570172
. 19 Eylul 2019 tarihinde kayna?ından
ar?ivlendi
. Eri?im tarihi: 11 A?ustos 2016
.
- ^
Nguyen M, Haenni AL (2003). "Expression strategies of ambisense viruses".
Virus Res
.
93
(2). ss. 141-50.
doi
:
10.1016/S0168-1702(03)00094-7
.
PMID
12782362
.
- ^
Roy P (2008).
"Molecular Dissection of Bluetongue Virus"
.
Animal Viruses: Molecular Biology
. Caister Academic.
ISBN
978-1-904455-22-6
.
- ^
Roy P (2008).
"Structure and Function of Bluetongue Virus and its Proteins"
.
Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology
. Caister Academic.
ISBN
978-1-904455-21-9
.
- ^
a
b
c
Klein, Donald W.; Prescott, Lansing M.; Harley, John (1993).
Microbiology
. Dubuque, Iowa: Wm. C. Brown.
ISBN
0-697-01372-3
.
- ^
Martinez MA, ve di?erleri. (2012). "Quasispecies Dynamics of RNA Viruses". Witzany, G. (Ed.).
Viruses: Essential Agents of Life
. Springer. ss. 21-42.
ISBN
978-94-007-4898-9
.
- ^
Steinhauer DA, Holland JJ (1987). "Rapid evolution of RNA viruses".
Annu. Rev. Microbiol.
Cilt 41. ss. 409-33.
doi
:
10.1146/annurev.mi.41.100187.002205
.
PMID
3318675
.
- ^
Boutwell CL, Rolland MM, Herbeck JT, Mullins JI, Allen TM (Ekim 2010). "Viral Evolution and Escape during Acute HIV-1 Infection".
J. Infect. Dis.
202
(Suppl 2). ss. S309-14.
doi
:
10.1086/655653
.
PMC
2945609
$2
.
PMID
20846038
.
- ^
Bukh J, Purcell RH, Miller RH (A?ustos 1994). "Sequence analysis of the core gene of 14 hepatitis C virus genotypes".
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
.
91
(17). ss. 8239-43.
doi
:
10.1073/pnas.91.17.8239
.
PMC
44581
$2
.
PMID
8058787
.
- ^
Tuplin A, Evans DJ, Simmonds P (Ekim 2004). "Detailed mapping of RNA secondary structures in core and NS5B-encoding region sequences of hepatitis C virus by RNase cleavage and novel bioinformatic prediction methods".
J. Gen. Virol
.
85
(Pt 10). ss. 3037-47.
doi
:
10.1099/vir.0.80141-0
.
PMID
15448367
.
- ^
Adams MJ, Antoniw JF, Kreuze J (2009). "Virgaviridae: a new family of rod-shaped plant viruses".
Arch Virol
.
154
(12). ss. 1967-72.
doi
:
10.1007/s00705-009-0506-6
.
PMID
19862474
.
- ^
Mihindukulasuriya, K. A.; Nguyen, N. L.; Wu, G.; Huang, H. V.; Travassos da Rosa, A. P.; Popov, V. L.; Tesh, R. B.; Wang, D. (2009). "Nyamanini and Midway viruses define a novel taxon of RNA viruses in the order Mononegavirales".
J. Virol
.
83
(10). ss. 5109-16.
doi
:
10.1128/JVI.02667-08
.
PMC
2682064
$2
.
PMID
19279111
.
- ^
Kondo, H.; Chiba, S.; Toyoda, K.; Suzuki, N. (2012). "Evidence for negative-strand RNA virus infection in fungi".
Virology
.
435
(2). ss. 201-9.
doi
:
10.1016/j.virol.2012.10.002
.
PMID
23099204
.