Huvudsekreterare ar en opolitiskt tillsatt chefstjansteperson inom statsforvaltningen som kan ansvara for att skota ett kansli eller sekretariat inom Regeringskansliet , ett departement , en statlig utredning , rad, myndighet eller annat statligt organ. Titeln kan kombineras med kanslichef och forekommer aven i andra offentliga organ.

Arbetsuppgifterna innebar normalt att planera och leda kansliets/sekretariatets arbete oftast med budgetansvar. Uppgiften kan vara att lagga fram strategier for hur Sverige skall agera eller atgarda i viss fraga. Anstallningen brukar vara tidsbegransad enligt specialistavtalet for sakkunniga i Regeringskansliet. Uppgiften kraver erfarenhet av arbetsledning, god organisationsformaga och formaga att fatta snabba beslut i manga ganger komplexa fragor liksom kannedom om statliga beredningsprocesser.

Sadana sekretariat brukar inrattas for att bista offentliga organ i dessas arbete i att granska forslag till beslut rorande en utvald fraga. Sekretariatet forbereder moten och foredrar forslag till stallningstaganden for organets ledamoter.

Sa har till exempel Vetenskapsradet fem huvudsekreterare, en for varje amnesrad.