Etter USAs invasjon av Afghanistan i 2001 ble al-Qaida mer desentralisert og bestar i dag av en kjerneorganisasjon i
Pakistan
samt et nettverk av regionale filialer i
Midtøsten
og
Nord-Afrika
. Opprettelsen av disse filialene inkluderer al-Qaida i
Irak
i 2004,
al-Qaida i det islamske Maghreb (AQIM)
i 2006 og
al-Qaida pa Den arabiske halvøy (AQAP)
i 2009.
Bin Laden ønsket a prioritere angrep mot USA eller andre vestlige mal, men brevutvekslingen hans med disse filialene viser at uenigheter oppstod da langsiktig strategi og lokale forhold matte vektes. Brevene viser i retrospekt hvor liten grad av kontroll bin Laden hadde over gruppene som bar al-Qaidas navn.
Bin Laden reagerte for eksempel sterkt pa den sekteriske volden til
Abu Musab al-Zarqawi
, lederen for al-Qaida i Irak. Særlig de vilkarlige angrepene mot irakiske sivile vakte bekymring fordi al-Qaida ble stilt i et darlig lys. Bin Laden mente at al-Zarqawi heller burde prioritere angrep mot amerikanske styrker gjennom en langvarig krigføring med lav intensitet.
AQIM var pa sin side økonomisk avhengig av kidnappinger og løsepenger etter a ha gitt opp en upopulær skattlegging av lokalbefolkningen. Vestlige gisler ? særlig amerikanske, europeiske og jødiske ? var høyt prioritert av gruppen. Forholdet mellom bin Laden og AQIM var stort sett godt, men det oppstod spenninger mellom den nordafrikanske gruppen og al-Qaidas sentralledelse da fem franske turister ble kidnappet i
Mali
. Mens AQIM forhandlet med franske styresmakter om løsepenger, publiserte bin Laden en uttalelse om at de franske gislene ville bli henrettet hvis franske tropper ikke trakk seg ut av Afghanistan. Mens bin Laden prioriterte politiske krav, valgte AQIM økonomisk overlevelse istedenfor.
Etter etableringen av AQAP i Jemen valgte filialens to ledere Qasim al-Raymi og Nasir al-Wuhayshi militære konfrontasjoner med de jemenittiske styresmaktene i hap om etableringen av en islamsk stat. Bin Laden derimot, klok av skade etter erfaringene i Irak, papekte at AQAP matte først etablere de jemenittiske stammenes tillit. Som i Irak mente bin Laden at den jemenittiske filialen heller burde angripe amerikanske mal. Likevel tyder lite pa at bin Laden klarte a pavirke de strategiske valgene til al-Wuhayshi som fortsatte angrep mot jemenittiske styresmakter.
Bin Ladens brevvekslinger tyder pa en svekket tro pa al-Qaidas filialer, og før sin død arbeidet han med a sentralisere al-Qaidas medieproduksjon samt fortsatt angrep mot USA istedenfor lokale arabiske styresmakter.