Flere godt bevarte
mayabyer
fra de første arhundrer av var tidsregning finnes i Honduras, deriblant
Copan
nær grensen til dagens Guatemala. Den østlige delen av Honduras var befolket av
jeger- og sankerstammer
.
Mayariket
i den vestlige del av Honduras gikk under før
Kristoffer Columbus
kom til kysten i 1502. Omradet ble
kolonisert
av spanierne fra 1524, men de innfødte gjorde stor motstand og ble overvunnet først i 1537, da
lenca
-høvdingen Lempira ble drept og 30 000 krigere overga seg.
Gruvedrift pa
sølv
ble iverksatt i omradet omkring
Tegucigalpa
fra slutten av 1500-tallet, noe som førte til økonomisk vekst. Fra 1570 var Honduras en del av Generalkapteinskapet Guatemala, en administrativ del av visekongedømmet
Ny-Spania
. Mellom-Amerikas første
universitet
ble grunnlagt i
Comayagua
i 1632. Pa 1500- og 1600-tallet forble
Mosquitokysten
uavhengig fra spansk kontroll, og var i periodene 1638?1787 og 1844?1860 britisk
protektorat
.
Honduras ble uavhengig fra
Spania
i 1821, og var en del av Det første meksikanske keiserriket til 1823, da landet ble innlemmet i Den mellomamerikanske føderasjon. Honduras erklærte absolutt uavhengighet som republikk i 1838. Landet ble preget av ustabilitet, og det var 85 presidenter mellom 1821 og 1876. En hovedarsak til at det ikke oppsto noen sterk statsmakt, var at godseierklassen var svak og at
korrupsjon
var utbredt. I tillegg klarte ikke Honduras a utvikle en solid kaffeøkonomi som i
Guatemala
og
El Salvador
.
Utenlandske foretak ble dominerende i Honduras, og det amerikanske selskapet United Fruit Company opprettet rundt ar 1900 store
plantasjer
i landet. Dette selskapets interesser dominerte snart bade økonomien og politikken, og landet ble et godt mønster for betegnelsen ≪bananrepublikk≫. Ved flere anledninger mellom 1911 og 1924
intervenerte
USA
militært. I begge verdenskrigene gikk Honduras med pa USAs side.
Pa 1900-tallet var forholdet til nabolandene
Guatemala
og
Nicaragua
spent. I 1969 ble den sakalte ≪
fotballkrigen
≫ utløst etter en landskamp mellom Honduras og
El Salvador
. Dette dreide seg om salvadoranske fremmedarbeideres forhold i Honduras; salvadoranske styrker gikk inn i Honduras for a forsvare sine landsmenn. I 1978 opplevde Honduras sitt 138.
militærkupp
. Den siste av mange
militærjuntaer
overlot makten til et sivilt styre etter et valg i 1981. Honduras ble operasjonsbase for nicaraguanske kontrarevolusjonære (
contras
) og amerikanske militærmanøvrer var en del av den hemmelige krigen mot Nicaragua. I 1987 forpliktet landets regjering seg til at
kontrarevolusjonære
aktiviteter mot Nicaragua ikke lenger skulle forega fra honduransk territorium.
I 1998 ble Honduras rammet av
orkanen
Mitch. Omkring 5600 mennesker mistet livet og 70 prosent av avlingene ble ødelagt. De materielle ødeleggelsene var omfattende. To ar senere sviktet kornavlingene pa grunn av tørke, og et
FN
-program ble satt inn for a hindre at landet skulle bli rammet av en sultkatastrofe. Naturkatastrofer satte utviklingen i Honduras anslagsvis 20 ar tilbake.
I siste halvpart av 1990-arene etablerte nordamerikanske og asiatiske bedrifter seg i
San Pedro Sula
-omradet, lokket av billig arbeidskraft og skattefritak. Dette førte til oppbygging i industrisektoren. Den økonomiske veksten i Honduras var sterk pa begynnelsen av 2000-tallet, men landet er fremdeles et av de minst utviklede i Mellom-Amerika. I 2008 sank landet, pa grunn av
finanskrisen
, ned i økonomisk
depresjon
, men i de senere arene har økonomien vært i fremgang.
I juni 2009 ble president
Manuel Zelaya
avsatt ved et
militærkupp
og sendt i
eksil
til
Costa Rica
. Etter den politiske krisen økte volden i landet, og Honduras hadde i 2012 verdens høyeste drapsrate utenfor krigssone. Drapsraten hadde da gatt fra atte drap per 100 000 innbyggere i 1986, 41 i 1999 til 85,5 drap per 100 000 innbyggere i 2012. Narkotikarelatert
gjengkriminalitet
er utbredt;
Mara Salvatrucha
og Barrio 18 er de største rivaliserende gjengene. Honduras mottar utviklingshjelp fra USA for bekjempelse av kriminalitet, og drapsraten har de siste arene ligget stabil pa litt over 40 drap per 100 000 innbyggere (2017?2019).