한국   대만   중국   일본 
KEGG ? Википеди?а Пре?ди на содржината

KEGG

Од Википеди?а ? слободната енциклопеди?а
Содржина
Контакт
Пристап
Алатки
Разно
Содржина
Контакт
Пристап
Алатки
Разно

KEGG збирка бази на податоци што се занимаваат со, биолошки патеки.KEGG се користи за истражува?е и едукаци?а на, вклучително и анализа на податоците вогеномиката, метагеномиката, метаболиката и другите студии на омики, моделира?е и симулаци?а во и истражува?е на превод во разво?от на лекови .

Вовед [ уреди | уреди извор ]

Проектот за база на податоци KEGG беше инициран во 1995 година од Минору Канехиса, професор на Институтот за хемиски истражува?а, универзитет во К?ото, во рамките на тогашната тековна ?апонска програма за човечкиот геном . [1] [2] Предвидува??и ?а потребата за комп?утеризиран ресурс што може да се користи за биолошка интерпретаци?а на податоците за секвенци на геноми, то? започнал да ?а развива базата на податоци KEGG PATHWAY. Тоа е збирка мануелно нацртани мапи на патеки KEGG кои претставуваат експериментално знае?е за метаболизмот и разни други функции на клетката и организмот . Секо?а мапа на патеката содржи мрежа на молекуларни заемоде?ства и реакции и е диза?нирана да ги поврзе гените во геномот (претежно белковини ) на патеката. Ова ?а овозможи анализата наречена мапира?е на патеката KEGG, при што содржината на генот во геномот се споредува со базата на податоци на KEGG PATHWAY за да се испита кои патеки и придружните функции веро?атно ?е бидат кодирани во геномот.

Според програмерите, KEGG е ?комп?утерска репрезентаци?а“ на биолошкиот систем .  Интегрира градежни блокови и жични ди?аграми на системот - поточно, генетски градежни блокови на гени и белковини, хемиски градежни блокови на ситни молекулии и реакции, и жични ди?аграми на молекуларна интеракци?а и мрежни реакции. Ово? концепт се реализира во следните бази на податоци на KEGG, кои се категоризираат на системи, геномски, хемиски и здравствени информации. [3]

  • Информации за системи
    • ПАТВЕ? - мапи на патеки за функции на клеточни и организми
    • МОДУЛ - модули или функционални единици на гените
    • БРИТЕ - хиерархиска класификаци?а на биолошки ентитети
  • Геномски информации
    • ГЕНОМ - комплетни геноми
    • ГЕНИ - гени и белковини во целосните геноми
    • ОРТОЛОГИ?А - ортологни групи на гени во целосните геноми
  • Хемиски информации
  • Здравствени информации
    • БОЛЕСТ - човечки заболува?а
    • ДРAГ - одобрени лекови
    • ЕНВИРОН - сурови лекови и супстанции поврзани со здрав?ето

Бази на податоци [ уреди | уреди извор ]

Информации за системи [ уреди | уреди извор ]

Базата на податоци на KEGG PATHWAY, базата на податоци за ди?аграмот за жици, е ?адрото на ресурсот KEGG. Тоа е збирка патеки мапи кои интегрираат многу суб?екти, вклучително гени, белковини, РНК, хемиски соединени?а, гликани и хемиски реакции, како и гени на болести и цели на лекови, кои се чуваат како поединечни записи во другите бази на податоци на KEGG. Мапите на патеката се класифицираат во следниве делови:

Делот за метаболизам содржи естетски нацртани глобални карти, кои покажуваат целосна слика за метаболизмот, покра? редовните мапи на метаболички патеки. Глобалните мапи со ниска резолуци?а можат да се користат, на пример, за да се споредат метаболичките капацитети на различни организми во студиите за геномика и различни примероци од животната средина во студиите за метагеномика. Спротивно на тоа, KEGG модулите во базата на податоци KEGG MODULE се локализирани ди?аграми за жици со поголема резолуци?а, што претставуваат построги функционални единици во картата на патеката, како што се под патеките конзервирани ме?у специфичните групи на организми и молекуларни комплекси. KEGG модулите се дефинирани како карактеристични генски множества што можат да се поврзат со специфични метаболички капацитети и други фенотипски одлики, така што ?е можат да се користат за автоматско толкува?е на податоците за геномот и метагеномот.

Друга база на податоци што ?а надополнува KEGG PATHWAY е базата на податоци на KEGG BRITE. Тоа е онтолошка база на податоци што содржи хиерархиски класификации на различни ентитети, вклучува??и гени, белковини, организми, болести, лекови и хемиски соединени?а. Додека KEGG PATHWAY е ограничен на молекуларни заемоде?ства и реакции на овие суб?екти, КЕГГ БРИТЕ вклучува многу различни типови на врски.

Геномски информации [ уреди | уреди извор ]

Неколку месеци по започнува?ето на проектот КЕГГ во 1995 година, бил об?авен првиот извешта? за комплетно секвенцираниот бактериски геном. [4] Оттогаш, сите об?авени целосни геноми се акумулираат во KEGG и за еукариотите и за прокариотите . Базата на податоци KEGG GENES содржи информации на ниво на гени / белковини и базата на податоци на KEGG GENOME содржи информации на ниво на организмот за овие геноми. Базата на податоци KEGG GENES се состои од генски сетови за целосни геноми, а на гени во секо? сет им се дадени прибелешки во форма на воспоставува?е кореспонденции со ди?аграмите за жици од мапите на патеките KEGG, модулите KEGG и BRITE хиерархиите.

Овие преписки се направени со употреба на концептот на ортолози . Мапите на патеката KEGG се подготвени врз основа на експериментални докази во специфични организми, но тие се диза?нирани да бидат применливи и за други организми, затоа што различни организми, како што се човекот и глувчето, честопати споделуваат идентични патишта што се состо?ат од функционално идентични гени, наречени ортолошки гени или ортолози. Сите гени во базата на податоци KEGG GENES се групирани како ортолози во базата на податоци на KEGG ORTHOLOGY (KO). Биде??и на ?азлите (генските производи) на мапите со патеки KEGG, како и модулите KEGG и BRITE хиерархиите, им се даваат идентификатори на КО, кореспонденциите се воспоставуваат откако гените во геномот се анонираат со идентификаторите КО со постапката за анотаци?а на геном во KEGG. [3]

Хемиски информации [ уреди | уреди извор ]

Мапите за метаболички патеки на KEGG се подготвени да ги претставуваат дво?ните аспекти на метаболичката мрежа: геномската мрежа за тоа како геномните кодирани од ензимите се поврзани со катализаци?ата на последователните реакции и хемиската мрежа за тоа како хемиските структури на подлоги и производи се трансформираат со овие реакции. [5] Збир на ензимски гени во геномот ?е ги идентификува мрежните мрежни ферментира?а кога се надредени на мапите на патеката KEGG, кои, пак, ги карактеризираат мрежите за трансформаци?а на хемиската структура, што овозможуваат интерпретаци?а набиосинтетички и биоразградливи потенци?али на организмот. Алтернативно, збир на метаболити идентификувани во метаболот ?е доведе до разбира?е на ензимските патеки и гените на ензимот.

Базите на податоци во категори?ата хемиски информации, кои колективно се нарекуваат KEGG LIGAND, се организираат со опфа?а?е на знае?ето за хемиската мрежа. Во почетокот на KEGG проектот, KEGG LIGAND се состоеше од три бази на податоци: KEGG COMPOUND за хемиски соединени?а, KEGG REACTION за хемиски реакции и KEGG ENZYME за реакции во номенклатурата на ензимите. [6] Во моментов, посто?ат дополнителни бази на податоци: KEGG GLYCAN за гликани [7] и две помошни бази на податоци за реакци?а наречени RPAIR (усогласува?е на парните реактанти) и RCLASS (реакци?а класа). [8] KEGG COMPOUND, исто така, се прошири да содржи различни соединени?а, како што се ксенобиотици , покра? метаболитите.

Здравствени информации [ уреди | уреди извор ]

Ка? KEGG, заболува?ата се сметаат како нарушени состо?би на биолошкиот систем предизвикани од вознемирувачи на генетски фактори и фактори на животната средина, а лековите се сметаат за различни видови на растро?увачи. [9] Базата на податоци на KEGG PATHWAY ги вклучува не само нормалните состо?би, туку и нарушените состо?би на биолошките системи. Сепак, мапите на патеките на болеста не можат да се подготват за пове?ето болести затоа што молекуларните механизми не се добро разбрани. Алтернативен пристап е земен во базата на податоци KEGG DISEASE, ко?а едноставно ги катализира познатите генетски фактори и факторите на заболува?а во животната средина. Овие каталози на кра?от може да доведат до поцелосни ди?аграми на жици на болести.

Базата на податоци KEGG DRUG содржи активни состо?ки на одобрени лекови во ?апони?а, САД и Европа. Тие се одликуваат со хемиски структури и / или хемиски компоненти и се поврзани со целни молекули, метаболизирачки ензими и други информации за молекуларна интеракци?а во мапите на патеките KEGG и хиерархиите BRITE. Ова овозможува интегрирана анализа на заемоде?ства со лекови со геномски информации. Сурови лекови и други супстанции поврзани со здрав?ето, кои се надвор од категори?ата на одобрени лекови, се чуваат во базата на податоци на KEGG ENVIRON. Базите на податоци во категори?ата здравствени информации се колективно наречени KEGG MEDICUS, ко? исто така вклучуваат пакет-инсерти на сите продадени лекови во ?апони?а.

Модел на претплата [ уреди | уреди извор ]

Во ?ули 2011 година, KEGG вовел модел на претплата за презема?е FTP, како резултат на значителен прекин на владиното финансира?е. KEGG продолжува да биде достапен слободно преку своето мрежно место, но моделот на претплата покрена дискусии за одржливоста на базите на податоци за биоинформатика. [10] [11]

Поврзано [ уреди | уреди извор ]

  • База на податоци за компаративна токсикогеномика - CTD ги интегрира KEGG патеките со токсикогеномички и податоци за болести
  • ConsensusPathDB, молекуларна функционална база на податоци за интеракци?а, со интегрира?е на информации од KEGG
  • Генетска онтологи?а
  • PubMed
  • Uniprot
  • База на податоци за болести на гените

Наводи [ уреди | уреди извор ]

  1. ↑ ?KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes“ . Nucleic Acids Res . 28 (1): 27?30. 2000. doi : 10.1093/nar/28.1.27 . PMC   102409 . PMID   10592173 .
  2. ↑ Kanehisa M (1997). ?A database for post-genome analysis“. Trends Genet . 13 (9): 375?6. doi : 10.1016/S0168-9525(97)01223-7 . PMID   9287494 .
  3. ↑ 3,0 3,1 ?Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG“ . Nucleic Acids Res . 42 (Database issue): D199?205. 2014. doi : 10.1093/nar/gkt1076 . PMC   3965122 . PMID   24214961 .
  4. ↑ ?Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd“ . Science . 269 (5223): 496?512. 1995. Bibcode : 1995Sci...269..496F . doi : 10.1126/science.7542800 . PMID   7542800 .
  5. ↑ Kanehisa M (2013). ?Chemical and genomic evolution of enzyme-catalyzed reaction networks“. FEBS Lett . 587 (17): 2731?7. doi : 10.1016/j.febslet.2013.06.026 . PMID   23816707 . |hdl-access= бара |hdl= ( help )
  6. ↑ ?LIGAND database for enzymes, compounds and reactions“ . Nucleic Acids Res . 27 (1): 377?9. 1999. doi : 10.1093/nar/27.1.377 . PMC   148189 . PMID   9847234 .
  7. ↑ ?KEGG as a glycome informatics resource“. Glycobiology . 16 (5): 63R?70R. 2006. doi : 10.1093/glycob/cwj010 . PMID   16014746 .
  8. ↑ ?Modular architecture of metabolic pathways revealed by conserved sequences of reactions“ . J Chem Inf Model . 53 (3): 613?22. 2013. doi : 10.1021/ci3005379 . PMC   3632090 . PMID   23384306 .
  9. ↑ ?KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs“ . Nucleic Acids Res . 38 (Database issue): D355?60. 2010. doi : 10.1093/nar/gkp896 . PMC   2808910 . PMID   19880382 .
  10. ↑ ?The 2012 Nucleic Acids Research Database Issue and the online Molecular Biology Database Collection“ . Nucleic Acids Res . 40 (Database issue): D1?8. 2012. doi : 10.1093/nar/gkr1196 . PMC   3245068 . PMID   22144685 .
  11. ↑ Hayden, EC (2013). ?Popular plant database set to charge users“ . Nature . doi : 10.1038/nature.2013.13642 .

Надворешни врски [ уреди | уреди извор ]

Преземено од ? https://mk.wikipedia.org/w/index.php?title=KEGG&oldid=5013288 “