All'eta di quindici anni venne chiamata a
Vienna
dall'imperatore
Giuseppe II
, e venne educata nel prestigioso Salesianerinnenkloster, dove si converti al
cattolicesimo
. Ricevette una raffinata educazione anche in campo musicale.
Le intenzioni di Giuseppe II erano quelle di farle sposare il nipote Francesco, figlio del granduca
Pietro Leopoldo di Toscana
. Le nozze avvennero il 6 gennaio 1788 a
Vienna
, ed Elisabetta divenne cosi arciduchessa d'
Austria
e principessa d'
Ungheria
,
Croazia
e
Boemia
. Esiste a questo proposito un aneddoto curioso sul giorno delle sue nozze: uno dei paggi, figlio di un'illustre famiglia nobile boema, inciampo nel lungo strascico di Elisabetta e venne, per questo, duramente rimproverato dall'imperatore. Era il futuro feldmaresciallo
Josef Radetzky
.
In quel periodo l'imperatore Giuseppe era seriamente ammalato, e la giovane Elisabetta si preoccupo molto della salute del suo benefattore. Verso la fine del 1789 Elisabetta rimase incinta, ma la sua gravidanza fu funestata dal peggioramento delle condizioni dell'imperatore e dalle notizie poco rassicuranti che provenivano dalla
Francia
.
Il 15 febbraio all'imperatore venne data l'estrema unzione e, alla vista dell'agonia di Giuseppe II, la giovane arciduchessa svenne tra le braccia del marito.
Tre giorni dopo, il 18 febbraio, nacque una gracile bambina chiamata Ludovica Elisabetta, che mori dopo sedici mesi di vita.
Elisabetta mori poche ore dopo il parto, precedendo di tre giorni Giuseppe II.
E sepolta nella
Cripta Imperiale
a Vienna.
Francesco si risposo con
Maria Teresa di Borbone-Napoli
, (1772 ? 1807), figlia di
Ferdinando I delle Due Sicilie
e della sua consorte l'arciduchessa
Maria Carolina d'Asburgo-Lorena
(1752-1814), da cui ebbe undici figli e l'erede al trono.