Allievo di Giuseppe Alberigo a Bologna e di Giovanni Miccoli , ha insegnato Storia della Chiesa e Storia contemporanea presso le universita di Trieste , Bologna , Lecce , Firenze . Dal 2003 al 2017 e stato professore ordinario di Storia contemporanea presso la Scuola Normale Superiore di Pisa , dove ora e professore emerito: dal 2009 al 2012 ne e anche stato preside della classe di Lettere e Filosofia . Membro del Comitato scientifico dell'Istituto dell'Enciclopedia italiana, e socio corrispondente dell'Accademia Nazionale dei Lincei.

Autore di numerosi saggi, tra cui varie monografie , ma anche edizioni di fonti e curatele, si e occupato di storia della Chiesa dalla Rivoluzione francese a oggi, soffermandosi in modo particolare sul rapporto tra Chiesa e nazione, sul tema della "guerra giusta" nel cattolicesimo fra '800 e '900, sull'utilizzo, da parte della Chiesa contemporanea, di immagini o culti volti alla riaffermazione della propria funzione nella societa di fronte al processo di secolarizzazione seguito alla Rivoluzione Francese, sul rapporto fra cattolicesimo e totalitarismo .

Con Giovanni Filoramo ha curato una Storia del Cristianesimo in quattro volumi. E condirettore, assieme allo stesso Filoramo, della "Rivista di Storia del Cristianesimo". I suoi studenti della Scuola Normale gli hanno dedicato il volume Un mestiere paziente. Gli allievi pisani per Daniele Menozzi (Pisa, ETS, 2017).

• "Philosophes" e "chretiens eclaires" , Brescia, Paideia, 1976.
• Cristianesimo e Rivoluzione Francese , Brescia, Queriniana, 1977.
• Letture politiche di Gesu. Dall'Ancien Regime alla Rivoluzione , Brescia, Paideia, 1979 (trad. francese)
• Chiesa, poveri, societa nell'eta moderna e contemporanea , Brescia, Queriniana, 1980.
• Lettere pastorali del vescovi dell'Emilia Romagna (a cura di), Genova, Marietti, 1986.
• Lettere pastorali dei vescovi della Toscana (a cura di D. MENOZZI e B. BOCCHINI CAMAIANI), Genova, Marietti, 1990.
• La Chiesa italiana e la Rivoluzione Francese , (a cura di), Bologna, EDB, 1990
• Les images. L'eglise et les arts visuels , Paris, Cerf, 1991.(trad. italiana, Milano, 1995)
• Il 'caso Lefebvre' , (a cura di), Genova, Marietti, 1991.
• Chiesa cattolica e secolarizzazione , Torino, Einaudi, 1993. (trad. portoghese)
• Li avrete sempre con voi. Profilo storico del rapporto fra Chiesa e poveri , Torino, Gruppo Abele, 1995.
• Storia del cristianesimo , 4. voll. (a cura di G. FILORAMO e D. MENOZZI), Bari, Laterza, 1997.
• Episcopato e societa da Leone XIII a Pio X , Bologna, il Mulino, 2000.
• I papi del Novecento , Firenze, Giunti, 2000.
• Antonio Baldovinetti e il riformismo religioso toscano nel Settecento (a cura di) Roma, Ed. di Storia e Letteratura, 2002.
• Sacro Cuore. Un culto tra devozione interiore e restaurazione cristiana della societa , Roma, Viella , 2002.
• Cattolicesimo e totalitarismo. Chiesa e cultura religiosa tra le due guerre mondiali. Italia, Francia e Spagna (a cura di D. MENOZZI e R. MORO), Brescia, Morcelliana, 2004.
• Una storiografia inattuale? Giovanni Miccoli e la funzione civile della ricerca storica (a cura di D. MENOZZI e G. BATTELLI), Roma, Viella, 2005.
• Giovanni Paolo II. Una transizione incompiuta? , Brescia, Morcelliana, 2006.
• Chiesa, pace e guerra nel Novecento. Verso una delegittimazione religiosa dei conflitti , Bologna, il Mulino, 2008.
• Le vie della liberta. Maestri e discepoli nel laboratorio pisano tra il 1938 e il 1943 (a cura di D. MENOZZI, B. HENRY, P. PEZZINO), Roma, Carocci, 2008.
• Le religioni e il mondo moderno . Vol. I. Il Cristianesimo , (a cura di), Torino, Einaudi, 2008.
• La storia della Scuola Normale Superiore di Pisa in una prospettiva comparativa , (a cura di D. MENOZZI e M. ROSA), Pisa, Edizioni della Normale, 2009.
• Un paese in guerra. La mobilitazione civile in Italia. 1914-1918 (a cura di D. MENOZZI, G. PROCACCI, S. SOLDANI), Milano, Unicopli, 2010.
• Mazzini e il Novecento (a cura di D. MENOZZI e A. BOCCHI), Pisa, Edizioni della Normale, 2010.
• A settant'anni dalle leggi razziali. Profili culturali, giuridici e istituzionali dell'antisemitismo (a cura di D. MENOZZI e A. MARIUZZO), Roma, Carocci, 2010.
• Pio IX. Religione e politica al vaglio della modernita , (a cura di D. MENOZZI e M. AL KALAK), Modena, Mc Offset, 2011.
• Storici e religione nel Novecento italiano (a cura di D. MENOZZI e M. MONTACUTELLI), Brescia, Morcelliana, 2011.
• Chiesa e diritti umani: Legge naturale e modernita politica dalla Rivoluzione Francese ai nostri giorni , Bologna, il Mulino, 2012.
• ≪Giudaica perfidia≫. Uno stereotipo antisemita fra liturgia e storia , Bologna, il Mulino, 2014.
• La Chiesa italiana nella Grande Guerra (a cura di D. MENOZZI), Brescia, Morcelliana, 2015.
• Delio Cantimori (1904-1966). Libri, documenti e immagini dai fondi della Scuola Normale, (a cura di D. MENOZZI e F. TORCHIANI), Pisa, Edizioni della Normale, 2016.
• I papi e il moderno. Una lettura del cattolicesimo contemporaneo (1903-2016) , Brescia, Morcelliana, 2016.
• Storiografia e impegno civile. Studi sull'opera di Roberto Vivarelli (a cura di D. MENOZZI), Roma, Viella, 2017.
• Costituzione italiana: articolo 7 , Roma, Carocci, 2017.
• Da Cristo Re alla citta degli uomini. Cattolicesimo e politica nel '900 , Brescia, Morcelliana, 2019.
• Storia della Chiesa . 4. L'eta contemporanea , Bologna, Dehoniane, 2019.
• ≪Crociata≫. Storia di un'ideologia dalla Rivoluzione francese a Bergoglio , Roma, Carocci, 2020.
• Il potere delle devozioni. Pieta popolare e uso politico dei culti in eta contemporanea , Roma, Carocci, 2022.
• Tra mito della nazionalita e mito della cristianita. Immagini di san Francesco dai ≪lumi≫ a Pio XII , Spoleto, Fondazione Centro Italiano di studi sull'Alto Medioevo, 2022.
• Il papato di Francesco in prospettiva storica , Brescia, Morcelliana, 2023.

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• Opere di Daniele Menozzi , su MLOL , Horizons Unlimited.  
• ( EN ) Opere di Daniele Menozzi , su Open Library , Internet Archive .  
• ( FR ) Pubblicazioni di Daniele Menozzi , su Persee , Ministere de l'Enseignement superieur, de la Recherche et de l'Innovation.  
• ( EN ) Daniele Menozzi , su Goodreads .  
• Registrazioni di Daniele Menozzi , su RadioRadicale.it , Radio Radicale .  
• Pagina personale di Daniele Menozzi sul sito della Scuola Normale Superiore , su sns.it . URL consultato il 25-02-2012 (archiviato dall' url originale il 1º gennaio 2012) .