한국   대만   중국   일본 
DrugBank - Wikipedia, a enciclopedia libre Saltar ao contido

DrugBank

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.

DrugBank e unha base de datos en lina de acceso libre, completa que conten informacion de farmacos e dianas de farmacos. [ 1 ] DrugBank e un recurso tanto bioinformatico coma quimioinformatico que combina datos detallados de farmacos (e dicir, datos quimicos, farmacoloxicos e farmaceuticos) con informacion completa das dianas de farmacos (e dicir, informacion de secuencias, estrutura, e rutas). [ 1 ] [ 2 ] Debido ao amplo ambito que abrangue e as referencias completas e datos infrecuentemente ben detallados das descricions, DrugBank e mais parecida a unha enciclopedia de farmacos que a unha simple base de datos. Hai ligazons a DrugBank para case todos os farmacos mencionados nas wikipedias. DrugBank utilizase amplamente na industria farmaceutica, polos quimicos de medicamentos, farmaceuticos, medicos, estudantes e publico en xeral. Os seus amplos datos de farmacos e dianas de farmacos permitiron o descubrimento e busca de novos usos para moitos dos farmacos existentes para tratar doenzas raras e de nova identificacion.

A ultima version que saiu desta base de datos e a 4.0, a cal conten 7677 entradas de farmacos incluindo 1558 farmacos de pequenas moleculas aprobados pola FDA norteamericana, 155 farmacos biotecnoloxicos ( proteina / peptido ) aprobados pola FDA, 87 nutraceuticos e uns 6000 farmacos experimentais . [ 3 ] Ademais, conten 4270 proteinas non redundantes (e dicir, secuencias de dianas de farmacos/ encimas /transportadores/carrexadores) que estan ligadas as entradas destes farmacos. Cada entrada de DrugCard (Fig. 1) conten mais de 200 campos de datos coa metade da informacion dedicada a dar datos de farmacos/compostos quimicos e a outra metade dedicada a datos de dianas de farmacos ou datos de proteinas. [ 3 ]

Catro bases de datos adicionais, que son: HMDB, [ 4 ] T3DB, [ 5 ] SMPDB [ 6 ] e FooDB, forman tamen parte do paquete xeral de bases de datos metabolomicas / quimioinformaticas . A HMDB conten informacion equivalente de mais de 40000 metabolitos humanos, T3DB conten informacion de 3100 toxinas comuns e contaminantes ambientais, SMPDB conten diagramas de rutas de case 700 vias metabolicas humanas e vias de enfermidades, e FooDB conten informacion equivalente sobre ~28000 componentes de alimentos e aditivos alimentarios .

Historia das sucesivas versions [ editar | editar a fonte ]

A primeira version de DrugBank saiu en 2006. [ 1 ] Este primeiro lanzamento contina unha cantidade de informacion relativamente modesta con so 841 farmacos de moleculas pequenas aprobados pola FDA e 113 farmacos biotecnoloxicos. Tamen incluia informacion sobre 2133 dianas de farmacos. Asegunda version de DrugBank saiu en 2009. [ 2 ] Esta version moi ampliada e mellorada da base de datos incluia xa 1344 farmacos de pequenas moleculas aprobados e 123 farmacos biotecnoloxicos, xunto con 3037 dianas de farmacos unicas. A version 2.0 tamen incluia por primeira vez farmacos retirados e drogas ilegais , e ampla informacion sobre interaccions alimentos-farmacos e farmaco-farmaco e parametros ADME T (absorcion, distribucion, metabolismo , excrecion e toxicidade ). A version 3.0 apareceu en 2011. [ 7 ] Esta version contina 1424 farmacos de pequenas moleculas aprobados e 132 farmacos biotecnoloxicos e >4000 dianas de farmacos unicas. A version 3.0 tamen inclue datos de transportes de farmacos, datos de rutas de farmacos, prezos de farmacos, patentes e datos de fabricacion e datos sobre >5000 farmacos experimentais. A version 4.0 apareceu en 2014. [ 3 ] Nesta version incluense 1558 farmacos de pequenas moleculas aprobados pola FDA, 155 farmacos biotecnoloxicos e 4200 dianas de farmacos unicas. A version 4.0 tamen incorporou ampla informacion sobre metabolitos farmacos (estruturas e reaccions), taxonomia de farmacos, espectros de farmacos, constantes de afinidade de farmacos e informacion sobre sintese de farmacos. A Taboa 1 proporciona un resumo estatistico mais completo da historia do desenvolvemento de DrugBank.

Taboa 1. Comparacion entre os contidos de DrugBank 1.0, 2.0, 3.0 e 4.0.
Categoria 1.0 2.0 3.0 4.0
Nº. de campos de datos por DrugCard 7001880000000000000 88 7002108000000000000 108 7002148000000000000 148 7002208000000000000 208
Nº. de tipos de buscas 7000800000000000000 8 7001120000000000000 12 7001160000000000000 16 7001180000000000000 18
Nº. de rutas de accion de farmacos ilustradas 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002168000000000000 168 7002232000000000000 232
Nº. de farmacos con datos de encimas metabolizantes 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002762000000000000 762 7003103700000000000 1.037
Nº. de metabolitos farmacos con estruturas 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7003123900000000000 1.239
Nº. de reaccions de metabolismo de farmacos 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7003130800000000000 1.308
Nº. de rutas de metabolismo de farmacos ilustradas 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7001530000000000000 53
Nº. de farmacos con datos de transporte de farmacos 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002516000000000000 516 7002623000000000000 623
Nº. de farmacos con informacion de clasificacion taxonomica de farmacos 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7003671300000000000 6.713
Nº. de efectos de farmacos asociados con SNP 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002113000000000000 113 7002201000000000000 201
Nº. de farmacos con datos de patentes, prezos, e fabricacion 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7003120800000000000 1.208 7003145000000000000 1.450
Nº. de interaccions alimento-farmaco 5000000000000000000 0 7002714000000000000 714 7003103900000000000 1.039 7003118000000000000 1.180
Nº. de interaccions farmaco-farmaco 5000000000000000000 0 7004132420000000000 13.242 7004137950000000000 13.795 7004141500000000000 14.150
Nº. de parametros ADMET (Caco-2, LogS) 5000000000000000000 0 7002276000000000000 276 7002890000000000000 890 7003666700000000000 6.667
Nº. de parametros QSAR por farmaco 7000500000000000000 5 7000600000000000000 6 7001140000000000000 14 7001230000000000000 23
Nº. de farmacos con datos de constante de afinidade de dianas de farmacos 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002791000000000000 791
Nº. de farmacos con datos de espectro RNM 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002306000000000000 306
Nº. de farmacos con espectro de espectrometria de masas 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002384000000000000 384
Nº. de farmacos con informacion da sintese quimica 5000000000000000000 0 7001380000000000000 38 7001380000000000000 38 7003128500000000000 1.285
Nº. de farmacos de pequenas moleculas aprobados pola FDA 7002841000000000000 841 7003134400000000000 1.344 7003142400000000000 1.424 7003155800000000000 1.558
Nº. de farmacos biotecnoloxicos 7002113000000000000 113 7002123000000000000 123 7002132000000000000 132 7002155000000000000 155
Nº de farmacos nutraceuticos 7001610000000000000 61 7001690000000000000 69 7001820000000000000 82 7001870000000000000 87
Nº. de farmacos retirados 5000000000000000000 0 7001570000000000000 57 7001680000000000000 68 7001780000000000000 78
Nº. de drogas ilegais 5000000000000000000 0 7002188000000000000 188 7002189000000000000 189 7002190000000000000 190
Nº. de farmacos experimentais 7003289400000000000 2.894 7003311600000000000 3.116 7003521000000000000 5.210 7003600900000000000 6.009
Nº total de farmacos de pequenas moleculas da FDA e experimentais 7003379600000000000 3.796 7003477400000000000 4.774 7003668400000000000 6.684 7003756100000000000 7.561
Nº total de farmacos da FDA e experimentais (de todos os tipos) 7003390900000000000 3.909 7003489700000000000 4.897 7003681600000000000 6.816 7003771300000000000 7.713
Nº. de todas as dianas de farmacos (unicas) 7003213300000000000 2.133 7003303700000000000 3.037 7003432600000000000 4.326 7003411500000000000 4.115
Nº. de transportadores/encimas farmacos aprobados (unicos) 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002164000000000000 164 7002245000000000000 245
Nº. de todas os encimas/transportadores farmacos (unicos) 5000000000000000000 0 5000000000000000000 0 7002169000000000000 169 7002253000000000000 253
Nº. de ligazons a bases de datos externas 7001120000000000000 12 7001180000000000000 18 7001310000000000000 31 7001330000000000000 33

Alcance e acceso [ editar | editar a fonte ]

Todos os datos de DrugBank son non propietarios ou derivanse dunha fonte non propietaria. Son libremente accesibles e disponibles para calquera. Ademais, case cada item de datos e totalmente rastrexable e explicitamente referenciado a fonte orixinal. Os datos de DrugBank estan disponibles a traves dunha interface de paxina web publica e por descargas.

Os usuarios poden procurar datos en DrugBank de diversos xeitos:

Poden facerse buscas de textos simples do componente textual enteiro da base de datos. Clicando no boton de busca xerase unha sinopse tabular do contido de DrugBank. Isto permite aos usuarios desprazarse a traves da base de datos ou reordenar os seus contidos (Fig. 2).

  • Ao clicar nun determinado boton de DrugCard aparecen os contidos de datos completos para o farmaco correspondente. Ali dase unha explicacion completa de todos os campos de DrugCard e fontes.
  • O boton PharmaBrowse permite que os usuarios busquen entre farmacos agrupados segundo as suas indicacions. Isto e especialmente util para os farmaceuticos e medicos, mais tamen para investigadores farmaceuticos que buscan pistas de farmacos potenciais.

O boton ChemQuery permite que os usuarios debuxen (utilizando applets ChemAxon ) ou escriban (como cadeas de datos SMILES ) un composto quimico e busquen en DrugBank os compostos quimicos similares ou identicos ao composto procurado (Fig. 3).

  • O boton TextQuery soporta unha busca de textos mais sofisticada (con correspondencias de palabras parciais, sensible as maiusculas e minusculas, con erros ortograficos etc.) da porcion de texto de DrugBank.
  • O boton SeqSearch permite aos usuarios realizar procuras de secuencias BLAST (proteina) entre as 18.000 secuencias contidas en DrugBank. Poden facerse buscas BLAST tanto dunha secuencia coma de multiples (e dicir, o proteoma completo).
  • O boton Data Extractor abre unha ferramenta de busca relacional doada de usar que permite aos usuarios seleccinar ou buscar en varias combinacions de subcampos. O Data Extractor e a ferramenta de busca mais sofisticada de DrugBank.

Os usuarios poden descargar componentes de textos seleccionados e datos de secuencias de DrugBank e rastrexar as ultimas noticias sobre DrugBank por medio de provedores ( feeds ) de noticias regulares no seu sitio web e en Twitter e Facebook.

Notas [ editar | editar a fonte ]

  1. ↑ 1,0 1,1 1,2 Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration" . Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D668-D672. PMC   1347430 . PMID   16381955 . doi : 10.1093/nar/gkj067 .  
  2. ↑ 2,0 2,1 Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets" . Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D901?906. PMC   2238889 . PMID   18048412 . doi : 10.1093/nar/gkm958 .  
  3. ↑ 3,0 3,1 3,2 Law, V; Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. (Jan 2014). "DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism" . Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D1091-7. PMC   3965102 . PMID   24203711 . doi : 10.1093/nar/gkt1068 .  
  4. ↑ Wishart, DS; Guo, AC, Eisner, R, Young, N, Gautam, B, Hau, DD, Psychogios, N, Dong, E, Bouatra, S, Mandal, R, Sinelnikov, I, Xia, J, Jia, L, Cruz, JA, Lim, E, Sobsey, CA, Shrivastava, S, Huang, P, Liu, P, Fang, L, Peng, J, Fradette, R, Cheng, D, Tzur, D, Clements, M, Lewis, A, De Souza, A, Zuniga, A, Dawe, M, Xiong, Y, Clive, D, Greiner, R, Nazyrova, A, Shaykhutdinov, R, Li, L, Vogel, HJ, Forsythe, I (Jan 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome" . Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D603-10. PMC   2686599 . PMID   18953024 . doi : 10.1093/nar/gkn810 .  
  5. ↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets." . Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D781-6. PMC   2808899 . PMID   19897546 . doi : 10.1093/nar/gkp934 .  
  6. ↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Jan 2014). "Small Molecule Pathway Database." . Nucleic Acids Research 42 (Database issue): D478-84. PMC   3965088 . PMID   24203708 . doi : 10.1093/nar/gkt1067 .  
  7. ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs." . Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D1035?41. PMC   3013709 . PMID   21059682 . doi : 10.1093/nar/gkq1126 .  

Vexase tamen [ editar | editar a fonte ]

Outros artigos [ editar | editar a fonte ]

Traido desde ≪ https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=DrugBank&oldid=6242762 ≫