한국   대만   중국   일본 
Omica - Wikipedia, a enciclopedia libre Saltar ao contido

Omica

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Diagrama que ilustra a xenomica

O neoloxismo omica refirese informalmente aos campos da bioloxia que se denominan terminando en -omica , como xenomica , proteomica ou metabolomica . A omica trata da caracterizacion colectiva e cuantificacion de conxuntos de moleculas bioloxicas que determinan a estrutura, funcion e dinamica dun organismo ou organismos.

O sufixo relacionado -oma utilizase para indicar os obxectos de estudo en ditos campos, como o xenoma , proteoma ou metaboloma , respectivamente. O sufixo -oma , cando se utiliza en bioloxia molecular , refirese a totalidade dalgunha clase de cousas; e un exemplo de "neo-sufixo" formado por abstraccion de varios termos gregos acabados en -ωμα , unha secuencia que en grego non formaba ningun sufixo (o verdadeiro sufixo era -μα).

A xenomica funcional ten como obxectivo identificar as funcions de tantos xenes como sexa posible dun organismo dado. Combina diferentes tecnicas omicas, como a transcritomica e a proteomica con coleccions de mutantes saturadas. [ 1 ]

Orixe [ editar | editar a fonte ]

"Omicum": edificio do Biocentro estoniano , que alberga o Centro do Xenoma Estoniano e o Instituto de Bioloxia Celular e Molecular da Universidade de Tartu en Tartu, Estonia .

Hai tres grandes campos nos que se aplica o sufixo -oma :

  1. En medicina, formando nomes co sentido de "inchamento, tumor" (sarcoma, anxioma).
  2. En botanica ou zooloxia, formando nomes co sentido de "unha parte dun animal ou planta cunha estrutura especificada" (rizoma, rabdoma).
  3. En bioloxia celular e molecular, formando nomes co sentido de "todos os constituintes considerados en conxunto" (proteoma, epixenoma ).

O sufixo -oma orixinouse no seculo XIX en palabras como escleroma [ 2 ] ou rizoma . [ 3 ] Todas estes termos derivan de palabras gregas que remataban en -ωμα (-oma), [ 4 ] secuencia que conten o verdadeiro sufixo grego -μα (-ma), e un -ω- (-o-) que pertence a palabra raiz (xeralmente un verbo) e non ao propio sufixo.

Suxeriuse que a sua terceira definicion se orixinou a partir de palabras como mitoma . [ 5 ] Entre os primeiros rexistros estan bioma (1916) [ 6 ] e xenoma (acunada a partir do aleman Genom en 1920 [ 7 ] ). [ 8 ] Como xenoma se refire a constitucion xenetica completa dun organismo, o neosufixo -oma pasou a facer referencia a "totalidade" ou "completo". [ 9 ]

Este prefixo non ten nada que ver con termos como cromosoma ou cromosomico, que acaban en soma (σωμ(ατ)-, 'corpo') e non no sufixo oma. [ 8 ] Tampouco ten que ver con palabras como comico ou economico, que tenen outra etimoloxia .

Os bioinformaticos e biologos moleculares foron os primeiros cientificos en utilizar moi amplamente o sufixo "-oma", aplicandoo a moitos novos termos. Uns dos primeiros que iniciaron ese uso foron os bioinformaticos de Cambridge , Reino Unido, onde se encontraban moitos dos primeiros laboratorios bioinformaticos, como o centro do MRC ( Medical Research Council ), o centro Sanger e o Instituto Europeo de Bioinformatica . Por exemplo, o centro do MRC levou a cabo os primeiros proxectos xenoma e proteoma.

A explosion da creacion e uso de termos omicos fixo que a publicacion destes termos en PubMed desde a decada de 1990 aumentase exponencialmente. [ 10 ]

Tipos de estudos omicos [ editar | editar a fonte ]

Xenomica [ editar | editar a fonte ]

  • Xenomica : estudo dos xenomas de organismos.
    • Xenomica cognitiva : estudo dos cambios en procesos cognitivos asociados con perfis xeneticos.
    • Xenomica comparada : estudo das relacions da estrutura do xenoma e a funcion entre diferentes especies bioloxicas ou cepas.
    • Xenomica funcional : describe as funcions e interaccions de xenes e proteinas (a miudo usa a transcritomica).
    • Metaxenomica : estudo de metaxenomas, e dicir, material xenetico recuperado directamente de mostras ambientais.
    • Neuroxenomica : estudo das influencias xeneticas no desenvolvemento e funcion do sistema nervioso .
    • Panxenomica : estudo dunha coleccion completa de familias xenicas atopadas dentro dunha especie dada. [ 11 ]
    • Xenomica persoal : rama da xenomica que trata da secuenciacion e analise do xenoma dun individuo. Unha vez que se conecen os xenotipos , o xenotipo dos individuos pode ser comparado coa literatura publicada para determinar a probabilidade da expresion de caracteres e risco de enfermidade. E util na medicina personalizada.

Epixenomica [ editar | editar a fonte ]

O epixenoma e estrutura de sosten do xenoma, incluindo proteinas e ARN que se unen a el, estruturas alternativas do ADN e modificacions quimicas do ADN.

  • Epixenomica : as tecnoloxias modernas que utiliza son a conformacion cromosomica por Hi-C, varias ChIP-seq e outros metodos de secuenciacion combinados con fraccionamentos proteomicos e metodos de secuenciacion que encontran modificacions quimicas nas citosinas , como a secuenciacion de bisulfito.
  • Nucleomica: estudo do conxunto completo de componentes xenomicos, que forma "o nucleo celular como un complexo, sistema bioloxico dinamico, referido como nucleoma". [ 12 ] [ 13 ] O Consorcio Nucleoma 4D uniuse oficialmente ao Consorcio Internacional do Epixenoma Humano (IHEC, International Human Epigenome Consortium ) en 2017.

Lipidomica [ editar | editar a fonte ]

O lipidoma e o complemento completo de lipidos celulares, incluindo as modificacions feitas sobre determinados conxuntos de lipidos, producidos por un organismo ou sistema.

Proteomica [ editar | editar a fonte ]

O proteoma e o complemento completo de proteinas , incluindo as modificacions feitas a un conxunto determinado de proteinas, producidas por un organismo ou sistema.

  • Proteomica : estudo a grande escala de proteinas, especialmente as suas estruturas e funcions. Utilizanse tecnicas de espectrometria de masas.
    • Inmunoproteomica : estudo de grandes conxuntos de proteinas (proteomica) implicadas na resposta inmune.
    • Nutriproteomica: identificacion de dianas moleculares de componentes nutritivos e non nutritivos da dieta. Usa datos de espectroscopia de masas proteomica para estudos de expresion proteica.
    • Proteoxenomica : un campo emerxente de investigacion bioloxica onde se solapan a proteomica e a xenomica. Os datos proteomicos son usados para anotacions de xenes.
    • Xenomica estrutural : estudo da estrutura tridimensional de todas as proteinas codificadas nun xenoma dado utilizando unha combinacion de enfoques experimentais e de modelos.

Glicomica [ editar | editar a fonte ]

A glicomica e o estudo completo do glicoma , e dicir, de azucres ou carbohidratos .

Alimentomica [ editar | editar a fonte ]

A alimentomica ou foodomica ( foodomics ) foi definida en 2009 como "unha disciplina que estuda os dominios dos Alimentos e Nutricion por medio da aplicacion e integracion de tecnoloxias -omicas avanzadas para mellorar o benestar, saude e conecemento do consumidor".

Transcritomica [ editar | editar a fonte ]

O transcritoma e o conxunto de todas as moleculas de ARN , incluindo o ARNm , ARNr , ARNt e outros ARN non codificantes , producidos nunha celula ou nunha poboacion de celulas.

Metabolismo [ editar | editar a fonte ]

  • Metabolomica : estudo cientifico de procesos quimicos nos que estan implicados os metabolitos . E un "estudo sistematico das pegadas dactilares quimicas unicas que os procesos celulares especificos deixan tras de si", o estudo dos perfis de pequenas moleculas metabolitos.
  • Metabonomica : medicion cuantitativa da resposta metabolica multiparametrica dinamica de sistemas vivos a estimulos fisiopatoloxicos ou modificacions xeneticas.

Nutricion, farmacoloxia e toxicoloxia [ editar | editar a fonte ]

  • Xenomica nutricional : ciencia que estuda as relacions entre o xenoma humano , a nutricion e a saude.
    • Nutrixenetica : estuda o efecto de variacions xeneticas na interaccion entre dieta e saude con implicacions a subgrupos susceptibles.
    • Nutrixenomica : estudo dos efectos dos alimentos e constituintes de alimentos na expresion xenica. Estudos dos efectos dos nutrientes no xenoma, proteoma e metaboloma.
  • Farmacoxenomica : investiga o efecto da suma das variacions no xenoma humano sobre os farmacos .
  • Farmacomicrobiomica : investiga o efecto de variacions no microbioma humano sobre farmacos e viceversa.
  • Toxicoxenomica : un campo da ciencia que trata da recoleccion, interpretacion e almacenaxe de informacion sobre actividade de xenes e proteinas nunha determinada celula ou tecido dun organismo en resposta a substancias toxicas.

Cultura [ editar | editar a fonte ]

Fora da bioloxia molecular e inspirada por esta, un equipo de Harvard liderado por Jean-Baptiste Michel e Erez Lieberman Aiden crearon o neoloxismo culturomica , que aplicaron a recoleccion de grandes datos e analises de estudos culturais.

Miscelanea [ editar | editar a fonte ]

  • Mitointeractoma : interactoma das proteinas mitocondriais.
  • Psicoxenomica : proceso de aplicar as poderosas ferramentas da xenomica e proteomica para consegir unha mellor comprension dos susbtratos bioloxicos do comportamento normal e de doenzas do cerebro que se manifestan como anormalidades do comportamento. Ao aplicar a psicoxenomica ao estudo da adiccion as drogas, o obxectivo final e desenvolver tratamentos mais efectivos para estas desordes asi como ferramentas de diagnostico obxectivo, medidas preventivas e finalmente formas de curacion.
  • Xenomica de celulas nai : util na bioloxia das celulas troncais ou nais. Pretende establecer as celulas nai como un sistema modelo importante para a comprension da bioloxia humana e estados de enfermidade e finalmente para acelerar o progreso cara a unha aplicacion clinica.
  • Conectomica : o estudo do conectoma, a totalidade das conexions neurais do cerebro.
  • Microbiomica : o estudo dos xenomas das comunidade de microorganismos que viven nos tractos dixestivos de animais.
  • Celomica : e a analise celular cuantitativa e estudo usando metodos de bioimaxes e bioinformatica.
  • Tomomica : unha combinacion de tomografia e metodos omicos para comprender a bioquimica de celulas e tecidos a unha alta resolucion espacial, normalmente usando datos de espectroscopia de masas de imaxes. [ 14 ]
  • Etomica : e a medicion con maquina de alto rendemento do comportamento animal. [ 15 ]
  • Videomica : un paradigma de analise de video inspirado por principios xenomicos, onde unha secuencia de imaxes continua (ou video) pode ser interpretado como a captura dunha soa imaxe que evoluciona no tempo por medio de mutacions revelando ‘unha escena’. [ 16 ]
  • Multiomica : a integracion de diferentes omicas nun so estudo ou analise de pipeline .
  • Interactoma : analise a grande escala das interaccions xene-xene, proteina-proteina, ou proteina- ligando .

Notas [ editar | editar a fonte ]

  1. ↑ Holtorf, Hauke; Guitton, Marie-Christine; Reski, Ralf (2002). "Plant functional genomics". Naturwissenschaften 89 (6): 235?249. doi : 10.1007/s00114-002-0321-3 .  
  2. ↑ "scleroma, n : Oxford English Dictionary" . Consultado o 2011-04-25 .  
  3. ↑ , "rhizome, n : Oxford English Dictionary" . Consultado o 2011-04-25 .  
  4. ↑ "-oma, comb. form : Oxford English Dictionary" . Consultado o 2011-04-25 .  
  5. ↑ "Home : Oxford English Dictionary" . Consultado o 2011-04-25 .  
  6. ↑ "biome, n. : Oxford English Dictionary" . Consultado o 2011-04-25 .  
  7. ↑ Hans Winkler (1920). Verbreitung und Ursache der Parthenogenesis im Pflanzen - und Tierreiche . Verlag Fischer, Jena. p. 165. Ich schlage vor, fur den haploiden Chromosomensatz, der im Verein mit dem zugehorigen Protoplasma die materielle Grundlage der systematischen Einheit darstellt den Ausdruck: das Genom zu verwenden ... " Traducion: "Propono a expresion xenoma para o conxunto de cromosomas haploide , que, xunto co pertinente protoplasma , especifica os fundamentos materiais da especie ...  
  8. ↑ 8,0 8,1 Coleridge, H.; et alii . The Oxford English Dictionary
  9. ↑ Liddell, H.G.; Scott, R.; et alii . A Greek-English Lexicon [1996]. ( Search at Perseus Project. )
  10. ↑ "O M E S Page" . bioinfo.mbb.yale.edu .  
  11. ↑ O'Connell, Mary J.; McNally, Alan; McInerney, James O. (2017-03-28). "Why prokaryotes have pangenomes" . Nature Microbiology (en ingles ) 2 (4): 17040. ISSN   2058-5276 . doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.40 .  
  12. ↑ Tashiro, Satoshi; Lanctot, Christian (2015-03-04). "The International Nucleome Consortium" . Nucleus 6 (2): 89?92. PMC   4615172 . PMID   25738524 . doi : 10.1080/19491034.2015.1022703 .  
  13. ↑ Cremer, Thomas; Cremer, Marion; Hubner, Barbara; Strickfaden, Hilmar; Smeets, Daniel; Popken, Jens; Sterr, Michael; Markaki, Yolanda; Rippe, Karsten (2015-10-07). "The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments". FEBS Letters (en ingles ) 589 (20PartA): 2931?2943. ISSN   1873-3468 . PMID   26028501 . doi : 10.1016/j.febslet.2015.05.037 .  
  14. ↑ Cumpson, Peter; Fletcher, Ian; Sano, Naoko; Barlow, Anders (2016). "Rapid multivariate analysis of 3D ToF-SIMSdata: graphical processor units (GPUs) and low-discrepancy subsampling for large-scale principal component analysis". Surface and Interface Analysis 48 (12): 1328. doi : 10.1002/sia.6042 .  
  15. ↑ Reiser, Michael (2009). "The ethomics era?". Nature Methods 6 (6): 413?414. PMID   19478800 . doi : 10.1038/nmeth0609-413 .  
  16. ↑ Kazantzidis, Ioannis; Florez-Revuelta, Francisco; Dequidt, Mickael; Hill, Natasha; Nebel, Jean-Christophe (2018). "Vide-omics: A genomics-inspired paradigm for video analysis". Computer Vision and Image Understanding 166 : 28?40. doi : 10.1016/j.cviu.2017.10.003 .  

Vexase tamen [ editar | editar a fonte ]

Outros artigos [ editar | editar a fonte ]

Bibliografia [ editar | editar a fonte ]

Ligazons extrernas [ editar | editar a fonte ]

  • Lista de omicas , incluindo referencias/orixes, do (CHI) Cambridge Health Institute.
Traido desde ≪ https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=Omica&oldid=6322768 ≫