Konfiguraatio tarkoittaa atomien tai atomiryhmien jarjestysta stereokemiallisen keskuksen ymparilla. Molekyylien stereoisomeerit poikkeavat toisistaan yhden tai useamman stereokeskuksen konfiguraation suhteen. Toisin kuin konformaatiot konfiguraatiot eivat voi muuttua toisikseen sidoksen katkeamatta. Nykyaan eri konfiguraatioiden nimeaminen perustuu Cahn?Ingold?Prelog-prioriteettisaantoihin ja konfiguraatiolla on merkitysta erityisesti optisesti aktiivisilla yhdisteilla. ^{[1] [2] [3] [4] [5] [6]}

Molekyylin absoluuttinen konfiguraatio tarkoittaa atomien tai atomiryhmien avaruudellista suuntautumista toisiinsa nahden. ^[7] Ensimmainen molekyylien absoluuttista konfiguraatiota kuvaava merkintatapa oli Hermann Emil Fischerin ja Martin Andre Rosanoffin kehittama Fischer?Rosanoff-merkintatapa, jota kaytetaan erityisesti sokerien ja aminohappojen konfiguraation ilmoittamisessa. Jos sokerin tai aminohapon konfiguraatio on sama kuin (+)- glyseraldehydilla , molekyylissa on D -konfiguraatio, ja jos konformaatio on eri on kyseessa L -konfiguraatio. ^{[3] [5] [6] [8]}

Uudempi tapa absoluuttisen konfiguraation merkitsemiseen on R,S-merkintatapa, joka perustuu Cahn?Ingold?Prelog-saantoihin. Kiraaliseen keskukseen sitoutuneet nelja erilaista atomia tai atomiryhmaa laitetaan prioriteettijarjestykseen siten, etta suurimman jarjestysluvun omaava atomi saa korkeimman prioriteetin. Taman jalkeen molekyyli piirretaan siten, etta prioriteetiltaan alhaisin ryhma osoittaa katsojasta poispain. Taman jalkeen katsotaan, mihin suuntaan molekyylissa kierretaan, jotta paastaan suurimman ryhman prioriteetista toiseksi suurimpaan prioriteettiin. Jos kiertosuunta on myotapaivaan, konfiguraatio on R ( lat. Rectus , oikea). Jos kiertosuunta on vastapaivaan, kyseessa on S-konfiguraatio ( lat. sinister , vasen). Mikali yhdisteessa on useampi kuin yksi kiraalinen keskus, absoluuttinen konfiguraatio tulee maarittaa niista jokaiselle erikseen. ^{[2] [3] [4] [5] [6]}

Suhteellinen konfiguraatio tarkoittaa molekyylin muiden stereokemiallisten keskusten konfiguraatiota verrattuna jonkin saman yhdisteen stereokemiallisen keskuksen suhteen. Talloin naiden stereokeskusten konfiguraation merkitsemiseen kaytetaan symboleja R* ja S*. Symboli R* tarkoittaa sita, etta keskuksen suhteellinen konfiguraatio on sama kuin vertailukeskuksen konfiguraatio, jota merkinnalla S* ilmoitetaan suhteellisen konfiguraation olevan eri kuin vertailukeskuksella. ^[9]

Tuntemattoman kiraalisen molekyylin absoluuttisen konfiguraation maarittamiseen on useita tapoja. Tuntematon kiraalinen yhdiste voidaan muuttaa kemiallisella reaktiolla sellaiseksi yhdisteeksi, jonka absoluuttinen konfiguraatio tunnetaan. Mikali reaktio ei tapahdu stereokemiallisessa keskuksessa, ei molekyylin konfiguraatio muutu ja se on sama kuin tunnetun yhdisteen. Mikali reaktio tapahtuu stereokeskuksessa ja reaktiomekanismin vaikutus konfiguraatioon tunnetaan (esimerkiksi S _N 2-reakio muuttaa konfiguraation toiseksi), molekyylin konfiguraatio voidaan paatella uuden tuotteen konfiguraation perusteella. Eraissa tapauksissa konfiguraation maaritykseen voidaan kayttaa myos yhdisteen ominaiskiertokykya tai NMR-tutkimuksia. Nykyaan kaytetyin menetelma absoluuttisen konfiguraation selvittamiseen on rontgenkristallografia . ^[3]

Konfiguraation maaritys voidaan tehda myos biokemiallisesti. Esimerkiksi eraat entsyymit hajottavat vain tietyn konfiguraation omaavia aminohappoja tai steroideja ja taman perusteella voidaan paatella molekyylin konfiguraatio. ^[3]