Zanzibar ha estado habitado durante al menos 20 000 anos ; su historia escrita comienza cuando el archipielago se convirtio en un lugar de paso para los comerciantes que viajaban entre Arabia , India y Africa . La isla de Unguja ofrecia un puerto seguro y bien protegido, y aunque el archipielago en si ofrecia pocos productos de valor, los arabes se asentaron en lo que se convertiria Ciudad de Zanzibar ( Stone Town ) y la convirtieron en un centro de comercio con las poblaciones costeras del Africa oriental . Los arabes construyeron fortalezas en las islas y construyeron la primera mezquita del hemisferio sur.

A finales del siglo  XV , y a raiz del viaje de Vasco da Gama de 1499, los portugueses fueron los primeros europeos que consiguieron el control de Zanzibar, que mantuvieron durante casi dos siglos. Fue conquistada por inmigrantes persas de Shiraz y mas tarde, en 1698, se convirtio en parte de las posesiones del sultanato de Oman , que se apodero del enclave, desarrollando una economia de comercio y plantaciones, con una elite arabe gobernante sobre una mayoria de poblacion africana. En las plantaciones de Zanzibar se cultivaron especias, por lo que enclave paso a conocerse como ≪islas de las Especias≫ (un nombre que tambien adquirieron las islas Molucas , que forman parte de la actual Indonesia ). Otro producto importante en la economia zanzibari era el marfil , obtenido de los colmillos de los elefantes africanos. El tercer pilar de la economia lo constituian los esclavos africanos, que convirtieron a Zanzibar, entre los siglos XVII y XIX en un importante centro esclavista del mundo arabe, creando un sistema comercial triangular con Arabia y la India similar al sistema esclavista triangular de Europa-Africa-America (El gobierno britanico puso fin al trafico de esclavos a fines del siglo  XIX bajo el gobierno del sultan omani Hamud ibn Mohammed , controlado por los britanicos). El sultanato de Zanzibar , independizado de Oman en 1861, controlaba una parte sustancial de la costa oriental africana, conocida como Zanj , y numerosas rutas comerciales africanas.

Gradualmente el control de Zanzibar paso al Imperio britanico , que tomo posesion del lugar como parte de su politica expansiva colonial y tambien en parte debido al impetu del movimiento abolicionista de la esclavitud . En 1890 Zanzibar se convirtio en un protectorado britanico . Los britanicos designaron visires desde 1890 hasta 1913 y luego, residentes britanicos desde 1913 hasta 1963. La muerte del sultan Khalid bin Bargash en 1896 y su sucesion por parte de un candidato no aprobado por los britanicos llevo a la guerra anglo-zanzibari , considerada la guerra mas breve de la historia (38 minutos).

En 1963 el archipielago de Zanzibar consiguio la independencia como una monarquia constitucional, pero las tensiones etnicas entre arabes y africanos llevaron poco despues a la sangrienta revolucion de Zanzibar en la que el sultan de Zanzibar fue derrocado, varios miles de arabes e indios fueron asesinados y otros miles expulsados y sus propiedades y confiscadas por el nuevo gobierno de la Republica de Zanzibar y Pemba . En el mes de abril, la nueva republica alcanzo un acuerdo con la vecina Tanganika , uniendose para formar el 26 de abril de 1964 Tanzania , un nuevo pais en el que Zanzibar constituia una region autonoma. En enero de 2001 se produjo una masacre en Zanzibar como resultado de unas elecciones con resultados cuestionados.

Excepto durante un breve periodo entre 1963 y 1964, con la Republica Popular de Zanzibar y Pemba, Zanzibar nunca ha sido una nacion o pais independiente por derecho propio.