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Barril beta de la
porina
especifica para
sucrosa
de la
bacteria
Salmonella typhimurium
, vista de lado. Las porinas son
proteinas transmembrana
con centros huecos a traves de los cuales pueden difundir moleculas pequenas.
La proteina de union a
retinol
humana es una
lipocalina
con un barril formado por ocho
laminas beta
de union a retinol (vitamina A).
Un
barril beta
es una estructura de proteinas formada por una serie de
laminas beta
que se tuercen y enrollan para formar una estructura cerrada en donde la primera cadena de laminas beta se une a la ultima a traves de enlaces por puente de hidrogeno. Estas laminas beta generalmente forman arreglos antiparalelos. Las estructuras de barril se encuentran comunmente en
porinas
y otras proteinas que se atraviesan membranas celulares y proteinas que se unen a ligandos
hidrofobicos
en el centro del barril, como en las lipocalinas. Las estructuras de barril tipo porinas son hasta el 2-3% de los genes de una
bacteria Gram negativas
.
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En muchos casos, la alternancia de cadenas contienen residuos aminoacidicos polares e hidrofobicos, de modo que los residuos hidrofobicos estan orientados hacia el interior del barril para formar un nucleo hidrofobico y los residuos polares estan orientados hacia el exterior del barril sobre la superficie expuesta a solvente. Las porinas y otras proteinas de membrana que contienen barriles beta pueden revertir este patron, con residuos hidrofobos orientados hacia el exterior, donde estan en contacto con lipidos, y los residuos hidrofilos orientados hacia el interior del poro.
Todos los barriles-beta se pueden clasificar en funcion de dos parametros: el numero de cadenas en la lamina beta, n, y el "numero de cizalla", S, una medida de la forma escalonada de los capitulos de la lamina beta.
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Estos dos parametros (n y S) se relacionan con el angulo de inclinacion de las cadenas de laminas beta en relacion con el eje del barril.
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Tipos de barriles beta
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La gran mayoria de los barriles beta posee una de las siguientes topologias:
Sandwich
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Los barriles beta tipo sandwich son los de topologias mas simple y consisten en una serie de laminas beta, cada una de las cuales posee enlaces de hidrogenos a la lamina inmediatamenta anterior y posterior en la
secuencia primaria
.
Aquellos con topologia de tipo
greca
estan conformados por laminas beta adyacentes en el espacio pero no en secuencia. Estos barriles beta generalmente consisten en al menos un motivo estructural en greca unido a una
horquilla beta
, o dos grecas sucesivas.
Remolino
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El barril tipo remolino (
jelly-roll
en ingles) es una estructura compleja no local en donde cuatro pares de laminas beta antiparalelas y una sola de ellas adyacente en secuencia, estan "envueltos" tridimensionalmente para adoptar la forma de un barril.
Referencias
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- ↑
Wimley WC. (2003). "The versatile beta-barrel membrane protein".
Curr Opin Struct Biol
13
(4): 404?11.
PMID 12948769
.
- ↑
a
b
Murzin A, Lesk A, Chothia C (1994). ≪Principles determining the structure of beta-sheet barrels in proteins. I. A theoretical analysis≫.
J Mol Biol
236
(5): 1369-1400.
PMID
8126726
.
doi
:
10.1016/0022-2836(94)90064-7
.
- ↑
Liu WM. (1998). "Shear numbers of protein beta-barrels: definition refinements and statistics".
J Mol Biol
275
(4): 541-5.
PMID 9466929
.
Enlaces externos
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