1992. aasta martsist asus Kert moodustama Kuperjanovi pataljoni. Ent pataljoniulemana polnud Kerdil suurt onne. Kahtlustatakse siiani, et suvel, Kerdi araolekul, tahtis veebel Jaak Mosin pataljoniga riiki kukutada. Pataljoniulemana lasi Kert maha ka uhe purjus alluksuse voitleja, kes Kalashnikoviga Voru linnas paugutas. Noormeest kinni votma lainud Kert tulistas valangu suunas pimedusse. Tabamus oli surmav.

Kert oli viis aastat tagasi toonase kaitsevae juhataja Aleksander Einselni jaoks uks esimesi autoriteete ja kindral pidas teda oma mantliparijaks. Kerdi, kui tulevase kaitsevae juhatajaga arvestati juba ammu ka kaitsejoudude peastaabis. Ometi rundas just peastaap Kerti kahtlaste grupeeringutega seotuses. Ajakirjanikele jagatud materjalid seostasid Kerti jaagrite morvagrupi, Tiit Vahi valitsuse ja metalliariga. Toenaoliselt olla Kert ka KGB voi GRU mees. Uhe peamise argumendina heitsid vastased Kerdile ette korgema sojavaelise hariduse puudumist, milleta ei saa kaitsevage juhatada.

12. jaanuaril 1996. maaras president Lennart Meri Kaitseliidu ulema kolonelleitnant Johannes Kerdi Vello Loema asemel kaitsevae ulema kohusetaitjaks: kuni uue kaitsevae juhataja nimetamiseni.

Ent valja kaevati ka hulk aastatetaguseid “patte,” mis just nuud Kerdile kraesse kirjutati: vaidetav kaklus kaitseliitlastega, mis pidavat naitama madalat enesekontrollivoimet, poliitiline manipuleeritavus, segased lood Noukogude sojavaekomissariaadi toimiku ekspertiisi salastatusega. Oma osa andis ka kunagine “oma mees” Aleksander Einseln, kes suudistas Kerti raha valjalaenamises, kui Kert Kuperjanovi pataljoni juhtis.

Riigikaitsekomisjon uuris Kerdi tausta: minevikku, olevikku ja voimalikku tulevikku. Kaitsepolitsei tegi ametliku avalduse, milles kinnitati, et neil puuduvad andmed tema seotusest GRU, KGB voi mone Vene foderatsiooni eriteenistusega.

23. jaanuaril 1996. aastal nimetati Johannes Kert Kaitsevae juhatajaks. Riigikaitsekomisjon toetas tema kandidatuuri, todedes siiski, et sojalise haridusega on Kerdil kaunikesti kehvad lood. Lisaks suudistati teda loogilise motlemise puudumises ning kehvas esinemis- ja kaitumisoskuses. Juri Pold Riigikaitsekomisjoni Reformierakonna fraktsioonist arvas: “Kerdil on omapara, et ta ei salli enda korval voimekaid ja tarku juhte.”

Kert ise nimetab tol ajal enda umber toimuvat epideemiaks, kus otsitakse mingit solgiambrit, milles sorida. “Moni minu vastu kaiv kaebus on oma olemuselt taiesti ilukirjandus.”

Tana arutab riigikogu kaitseminister Juri Luige ettepanekud tagandada Kert. Seda toetab ka president Lennart Meri. Peaminister Mart Laari suhtes pole allikad uhte meelt. Uhed raagivad, et Laar isiklikult Kerdi vabastamist ei toeta. Teised kinnitavad, et Laari arvates tuleks Kert kull kohalt maha votta, kuid hasti delikaatselt - nii et tuli ei touseks.

Kindral Kerdi karjaar tavamoistes on ebatavaline, mida ei saaks juhtuda uheski arenenud riigis. Eesti oludes aga upris loogiline. Taasiseseisvumisel seisis riik pohimottelise kusimuse ees: kas kasutada Kaitsevae ulesehitamisel NLiidu punaarmees teeninud ohvitsere voi ,,taienduskursuste ja taiendoppe” kaudu voi kujundada Laanes kiirkorras valja uus kaader.

Tegelikult on molemat varianti tasahilju juurutatud. Ants Laaneots ja Vello Loemaa nimed tulevad siin naidetena kohe esile. Ei ole ju ka Kert taiesti vaba punaarmee taustast. Aleksander Einselniga prooviti ka kolmandat voimalust, aga see katsetus loppes usna kurvalt ja kiiresti.

Uhe voi teise korge sojavaelase karjaarihupped, soosingusse ja ebasoosingusse sattumine on tegelikult laiema taustaga asjad, mis tulenevad meie oma sojavaekaadri traditsiooni puudumisest voi oigemini havitamisest.

Koige halvem on seejuures Kaitsevakke olude sunnil sisse programmeeritud vastuolu noorte Laanes hea sojalise hariduse saanud nooremohvitseride ja tihti punaarmee taustaga vanemohvitseride vahel.

Neist esimesed peavad juba labi tegema tavaparase pika ja reegliparase karjaari. Teised said aga mone aasta jooksul majori ja koloneli pagunid ning puuavad iga hinna eest saavutatust kuunte ja hammastega kinni hoida.

Kaitsevae juhataja pohiulesanne oleks seda vastuolu maksimaalselt uldise edasimineku huvides tasandada.