Fill de Teodosi de Braganca , duc de Braganca , i la seva esposa Ana de Velasco , va neixer el 19 de marc de 1604 .

Per linia paterna descendia del rei Manuel I de Portugal , i com a duc de Braganca descendia tambe de Joan I de Portugal per linia femenina. Per linia materna era descendent, de forma il·legitima, de Ferran el Catolic .

Durant la seva joventut Felip IV de Castella regna a Portugal com a descendent per linia femenina del rei Manuel. La Dinastia Habsburg havia assolit el poder a Portugal al derrotar el 1580 el rei Antoni I de Portugal a la batalla d'Alcantara . El caracter religios i pacific del duc de Braganca li va impedir fer prevaldre els seus drets legitims. La seva esposa Lluisa de Guzman el va impulsar a ocupar el tron portugues iniciant una revolucio l' 1 de desembre de 1640 que va aconseguir expulsar els castellans.

Despres de la seva aclamacio, durant la Guerra de Restauracio portuguesa , les aliances firmades per Portugal amb Franca i Suecia, el juny i agost de 1641, emmarcades en la Guerra dels Trenta Anys , es realitzaren per poder fer front als interessos castellans a Portugal aixi com als holandesos a les colonies portugueses. El Tractat de l'Haia de 1641 va ser una treva de deu anys signada entre les Provincies Unides i Portugal, ^[1] que a la practica es va limitar al continent europeu, doncs les hostilitats seguirien a les colonies neerlandeses i portugueses fins al final de la guerra .

La seva ascensio va comportar una guerra contra la Corona de Castella , que va acabar el 1668 amb el reconeixement de la independencia de Portugal . Les aliances firmades per Portugal amb Franca i Suecia , el juny i agost de 1641 , emmarcades en la Guerra dels Trents Anys , es realitzaren per poder fer front als interessos castellans a Portugal aixi com als holandesos a les colonies portugueses .

A Portugal la invasio castellana s'inicia el 1641 i va ser reduida a Montijo el 1650 . El gener d'aquell mateix any els holandesos prengueren Malaca i el 1648 el soldanat d' Oman prengueren Muscat . El 1654 , el Brasil retorna a mans portugueses, una aspiracio holandesa que no es veie realitzada al perdre Portugal en mans holandes l'illa de Ceilan el 1656 .

Es casa el 1633 a Elvas amb Lluisa de Guzman , filla de Juan Manuel Perez de Guzman, duc de Medina-Sidonia . D'aquesta unio tingueren:

• l'infant Teodosi III de Braganca ( 1634 - 1653 ), princep del Brasil i duc de Braganca
• la infanta Anna de Braganca ( 1635 )
• la infanta Joana de Braganca ( 1636 - 1653 )
• la infanta Caterina de Braganca ( 1638 - 1705 ), casada el 1662 amb Carles II d'Anglaterra
• l'infant Manuel de Braganca ( 1640 )
• l'infant Alfons VI de Portugal ( 1643 - 1683 ), rei de Portugal
• l'infant Pere II de Portugal ( 1648 - 1706 ), rei de Portugal

Tingue una filla natural:

• Maria de Braganca ( 1644 - 1693 ), religiosa

Joan IV de Portugal mori el 6 de novembre de 1656 a Lisboa .

Joan fou un mecenes de les arts, especialment de la musica. No nomes protegi artistes i musics, sino que reuni de les grans biblioteques musicals europees, amb partitures impreses i manuscrites d'arreu, entre aquestes contenia 497 melodies populars compostes per Gabriel Diaz Besson , ^[2] i ell mateix fou critic musical i compositor. La biblioteca fou completament destruida pel terratremol de Lisboa de 1755 . Entre les obres que es conserven del rei, hi ha alguns escrits en defensa de Palestrina i una Defensa de la musica moderna (Lisboa, 1649). De les poques obres musicals que se'n conserven, la mes coneguda es Crux fidelis , himne polifonic per a la Setmana Santa (dura uns deu minuts), interpretat sovint durant aquest periode a Portugal.