韓國 最初의 領洗者이며 韓國 天主敎會 創設者 中의 한 사람이다.

本貫은 平昌(平昌). 교명은 베드로. 자는 自述(子述), 號는 萬千(蔓川).

아버지는 參判(參判) 동욱(東郁)으로 南人(南人)이다. 外祖父 이용휴(李用休)와 外三寸 이가환(李家煥)의 影響을 받았고, 記號南人(畿湖南人)의 젊은 才士인 권일신(權日身)·정약종(丁若鍾)·정약전(丁若銓)·이기경(李基慶) 等과 緊密한 關係를 維持했다. 權哲身(權哲身)을 中心으로 한 聖號左派(星湖左派)의 學脈을 이어받았기 때문에 西洋의 新學問에 對한 受容 熱情을 많이 가지고 있었다.

1775年 정약용(丁若鏞)의 누이와 結婚했다. 1780年(正祖 4) 進士試에 合格, 成均館에 들어갔으나 벼슬을 斷念하고 學問에만 專念했다.

1783年 冬至使의 書狀官인 아버지를 따라 淸나라에 갈 때, 天主敎에 몸담고 있던 親戚 李蘗(李檗)의 付託을 받고 西學(西學) 書籍을 救하기 위해 베이징[北京] 北天主堂(北天主堂)에 찾아갔다. 거기에서 天主敎 書籍을 接하고 敎理를 硏究한 後 入校할 것을 決心, 이듬해 예수회의 루이 그라몽(染棟材) 神父에게 領洗를 받고 韓國 最初의 天主敎 零細信者가 되었다.

1784年 3月 數十 種의 敎理書籍과 十字苦像(十字苦像)·聖火·默珠 等을 갖고 歸國하여 李蘗·최인길(崔仁吉)과 함께 권일신, 丁若鏞 兄弟 等을 對象으로 傳道活動을 하면서 零細를 執典했다. 다음해 名例洞(明禮洞)의 中인(中人) 김범우(金範禹) 집에 韓國 最初의 天主敎會를 創設했다. 이들은 定期的인 信仰모임을 갖고 敎理書를 諺文으로 飜譯해 配布하는 等의 活動을 하다가 乙巳秋曹摘發事件이 일어나자, 이승훈은 家族들의 勸誘로 西學을 異端으로 排斥하는 斥邪門(斥邪文)을 짓고 背敎했다.

1787年 祕密裏에 復校하여 自治的인 敎會活動을 開始하여 權日身을 主敎로 하고 스스로는 新婦가 되어 成事(聖事)를 執行했다. 1789年 10月 윤유일(尹有一)을 베이징으로 派遣하여 自治敵 敎會의 存在를 알리게 하고 祖上 祭祀에 對한 敎理 解釋과 聖職者 派遣을 付託하게 했다. 그러나 베이징 敎區長 알렉상드르 구베아(湯士選) 神父로부터 祖上 祭祀의 不可 通報와 自治敎會의 不正 回答을 받고 다시 背敎를 했다. 1791年 平澤縣監으로 在職中 윤지충(尹持忠)·權尙然(權尙然)의 祭祀 拒否로 비롯된 珍山事件 (珍山事件)이 일어나자 이기경을 비롯한 儒生들의 上疏로 官職을 빼앗기고 投獄, 獄中에서 背敎를 하여 釋放되었다.

1794年 中國에서 新婦 周文謨(周文謨)가 入國하여 傳道活動을 하자 敎會와 다시 接觸했으나, 다음해 윤유일·최인길·地黃(池璜) 等이 逮捕·處刑되자 이에 連累되어 다시 投獄, 豫算(禮山)으로 流配되었다. 流配生活中 〈誘惑門 ?惑文〉을 지어 流布하고 1796年 流配가 풀린 後 〈朱子백록동聯의 朱子白鹿洞衍義〉를 짓는 等 敎會活動을 斷絶한 立場을 밝혔다.

1793年 以後 記號南人들은 政治的으로는 채제공(蔡濟恭)을 中心으로 한 채當(蔡黨)과 그에 反對하는 홍당(洪黨)으로, 天主敎에 對한 立場에서는 信西派(信西派)와 攻西派(攻西派)로 나누어졌다.

채當 信西派에 屬한 그는 反對派에 屬한 홍낙안(洪樂安)·이기경 等에게 繼續 攻擊을 받았다. 1801年 純祖 卽位 後 정순왕후(貞純王后)와 심환지(沈煥之) 等 僻派勢力 및 최헌중(崔獻重) 等 南人의 一部 勢力은 男인 詩派가 天主敎와 密接한 關係를 이루고 있음을 契機로 私學彈壓(邪學彈壓)을 내세우면서 辛酉邪獄 를 일으켰다.

이에 이가환·丁若鏞·권철신·정약종·정약전 等과 함께 連累되어 같은 해 2月 26日 정약종·崔昌賢(崔昌賢)·최필공(崔必恭)·홍교만(洪敎萬)·홍낙민(洪樂敏)과 함께 '구서전法'(購書傳法)·'密通良人'(密通洋人)·'잠모可換'(潛謀家煥)의 罪目으로 西小門 밖에서 斬首당했다. 1856年 아들 新規(身逵)의 歎願으로 大逆罪는 身元되었다. 以後 新規와 孫子 再議(在誼)는 1866年에, 曾孫 硏究(蓮龜)·菌區(筠龜)는 1871年에 殉敎하여 4代에 걸쳐 殉敎者를 냈다.

文集으로 〈만천유고〉가 있다.