Tidlige innbyggere var trolig bagaer pa Fouta-Djalon-plataet. Disse ble fordrevet til kysten av susuene. Pa 1000-tallet var Guinea en del av
Ghanariket
. Pa 1500-tallet tok fulaniene kontroll over Fouta-Djalon-omradet, drev energisk islamisering og etablerte et føydalrike som besto til 1800-tallet.
I 1445 kom portugiserne som de første europeere til Guinea-omradet, som ble et tilfluktssted for
slavehandlere
. Senere slo engelske og franske handelsmenn seg ned. Pa 1500-tallet kom fulaniene inn fra øst og sør. Den egentlige kolonitiden begynte først pa 1840-tallet. Franskmenn la under seg, under kraftig motstand fra lokale herskere, kystomradet som de kalte Rivieres du Sud. Dette omradet var en del av Senegal til 1890 og ble deretter egen koloni under navnet Fransk Guinea fra 1893. To ar senere ble kolonien en del av
Fransk Vest-Afrika
.
I 1946 fikk kolonien status som oversjøisk territorium i
Den franske union
, og innbyggerne ble franske borgere. Da
Det franske fellesskap
ble opprettet i 1958, valgte Guinea etter en folkeavstemning a sta utenfor dette og opprettet den selvstendige republikken Guinea. Frankrikes reaksjon var a trekke tilbake all bistand, hjemkalle eksperter og ødelegge anlegg og utstyr fra bistandsarbeidet. Lederen for selvstendighetsbevegelsen,
Ahmed Sekou Toure
, ble Guineas første president. Han bygget opp landet rundt fagbevegelsen og det eneste tillatte partiet PDG. Guinea var en
ettpartistat
med en
marxistisk
politisk linje og regulert økonomi. Politisk motstand ble slatt ned med harde midler, og omkring to millioner guineanere dro i eksil. Forholdet til nabolandene ble darlig, og det ble gjort flere forsøk pa invasjon og kupp for a fjerne Toures regime.
I 1970-arene ble regimets politikk mer moderat, og normalisering av forholdet til andre land førte blant annet til at kontakten med Frankrike ble gjenopptatt. Toure døde i 1984, og en offisersgruppe grep makten ved et kupp. Oberst
Lansana Conte
ble president, og Diarra Traore (1935?1985) ble statsminister. Nasjonalforsamlingen ble oppløst, og et militært rad overtok makten. Partiet PDG ble oppløst, politiske fanger ble løslatt fra fengsler og fangeleirer, og eksil-guineanere begynte a komme tilbake. Statsministerstillingen ble avskaffet. Den avsatte statsministeren Traore forsøkte i 1985 a gripe makten ved et kupp, men mislyktes. Traore ble henrettet, og Conte beholdt makten. Dette skapte en viss politisk stabilitet, men en opposisjon vokste frem. Etter store streiker og politisk press kunngjorde Conte i 1991 en plan for innføring av demokrati. En ny grunnlov samme ar tillot politiske partier.
Opposisjonen var splittet, og det var voldelige sammenstøt i 1992?1993. Conte vant presidentvalget i 1993. I 1995 samlet flere partier og organisasjoner seg i en opposisjonsfront. I 1998 ble Conte gjenvalgt som president, men like etter ble han arrestert, anklaget for a ha planlagt a styrte regjeringen. I 2001 ble presidentperioden forlenget fra fem til sju ar. Conte ble valgt til en tredje presidentperiode i 2003.
Guinea ble involvert i konflikter i flere naboland, noe som destabiliserte landet. Om lag 100 000 guineanere ble internt fordrevne av kamper i grenseomradene. Et liknende antall guineanere flyktet hjem etter at krig brøt ut i Elfenbenskysten. I tillegg var det store sosiale og økonomiske problemer i Guinea. I 2005 brøt et væpnet opprør ut sørøst i landet, og det kom til sammenstøt mellom etniske grupper.
Avsetting av to statsministre i 2005?2006 førte til streiker, overgrep og drap. Etter Lansana Contes død i 2008 tok Moussa Dadis Camara makten gjennom et kupp. Hans styrker angrep prodemokratiske demonstranter pa et stadion i Conakry, drepte mer enn 150 mennesker, saret om lag 1000 personer og
voldtok
omkring 100 kvinner. Camara ble skutt og saret av en assistent i 2009 og dro deretter i eksil. En sivilt ledet overgangsregjering ble etablert, og det første frie presidentvalg siden 1958 ble avholdt i 2010. Alpha Conde ble president. Den politiske opposisjonen var sterk, og i 2013 var det flere voldsepisoder.
I 2014 utviklet en
ebolaepidemi
seg. Et mindre utbrudd inntraff varen 2016 etter at Verdens helseorganisasjon hadde erklært Guinea fritt for ebolavirus aret før.
5. september 2021 ble president Conde pagrepet og avsatt av spesialstyrker ledet av oberstløytnant Mamady Doumbouya. Samtidig ble det meldt at landets grunnlov var opphevet og regjeringen avsatt. Doumbouya gjorde det klart at National Committee of Reconciliation and Development (NCRD), som han er leder av, ville styre landet i en overgangsperiode pa 18 maneder. Til tross for protester fra blant annet FN,
EU
, OAU og en rekke land ble Doumbouya offisielt innsatt som landets statssjef 1. oktober 2021. Han har fremdeles makten i Guinea (2024).