1931年 아소視我相 亞틀레치카 다 바이아(綜合 스포츠 클럽)와 클루비 바이아누 지 테니스(테니스 클럽)李 蹴球團 運營을 中斷하면서, 各 球團의 蹴球 選手들이 모여 새로운 蹴球團을 만들어 EC 바이아가 誕生하였다. 創團 以後 얼마 지나지 않아, 바이아는 브라질 北東部의 가장 人氣있는 蹴球團으로 거듭났다. 蝸牛데마르 코스타 博士가 바이아의 初代 會長으로 推戴되었다. 球團의 앰블럼은 下이문두 마갈량이스가 製作했으며, SC 코린치앙스 파울리스타 로부터 靈感을 받아, 바이아의 週期를 둥근 앰블럼 가운데에 位置하여 디자인하였다.

球團의 創團 모토는 이기기 위해 태어났다. ( 포르투갈語 : Nasceu para Vencer )로 定해졌다. 創團 첫 시즌 바이아 週 大會 토르네이우 이니詩友에서 優勝을 차지하였다. 1959年 에 他社 브라지우(세리이 A의 前身)에서 優勝을 차지하였으며, 같은 大會의 1961年 과 1963年 에는 準優勝을 차지하였다.

1980年代에 접어들면서 EC 바이아는 黃金期를 맞이하였다. 1988年 球團은 캄페誤나투 브라질레이루 稅吏이 A 에서 優勝을 차지하면서, 稅吏이 A 첫 優勝이자 全國 大會 두番째 타이틀을 거머쥐었다. 이 後 코派 리베르打倒레스 1989 시즌에 參加하게 되었으며, 이는 相對的으로 落後된 브라질 北東部의 클럽이 大陸 大會에 처음 出戰하는 것으로, 크게 話題가 되어 全國的인 耳目을 집중시켰다. 바이아는 組別 리그에서 1位로 토너먼트에 進出하였고, 페루 의 于니베르視타리오 데 데포르테스 를 綜合 3-2로 꺾은 後, 8强에서 SC 인테르나시오나우 에게 敗해 탈락하였다.

1997年 바이아는 EC 駐벤투地 와의 홈 競技에서 0-0 無勝負로 마친 後, 歷史上 처음으로 캄페誤나투 브라질레이루 稅吏이 B 로 降等되었다. 1999年 바이아는 좋은 成跡을 維持하며, 2年만에 稅吏이 A 復歸를 노렸으나, 最終 3位를 記錄하며 昇格에 失敗하였다.

2000年 에 상파울루 FC 와 SC 인테르나시오나우 等의 蹴球團들이 賂物 收受 事件에 連累되며, 플루미넨시 FC 와 함께 稅吏이 A로 復歸하였다. 그러나 2002年 球團을 後援하던 銀行이 破産하면서, EC 바이아는 빠르게 衰退했다. 2001年 과 2002年 코파 노르데스치 에서 優勝을 차지하였으나, 2003年 稅吏이 A에서 微微한 成跡을 거둔 以後 稅吏이 B로 다시 降等되었다. 2004年 稅吏이 B 4位를 記錄하며 또 한番 빠르게 復歸를 準備했으나, 브라질리엔視 FC 에게 敗하며 또 다시 稅吏이 B에 머무르게 되었다. 2005年 稅吏이 B 18位를 記錄하며, 캄페誤나투 브라질레이루 稅吏이 C 로 墜落하였다.

2007年 캄페誤나투 브라질레이루 稅吏이 C 準決勝戰 나시誤나우 파스트 클루비 와의 對決에서 샤를리스가 後半 막판에 決勝골을 記錄하며, 奇跡的으로 決勝戰에 올라섰다. 最終的으로 準優勝을 記錄한 EC 바이아는 캄페誤나투 브라질레이루 稅吏이 B 로의 昇格이 確定되었다. 이 瞬間을 두고 바이아의 팬들은 스스로를 三色의 不死鳥( 포르투갈語 : Fenix tricolor )라 稱하였다. 2007年 EC 바이아는 3部 리그에서 活動하였음에도 不拘하고, 平均 40,400名의 觀衆이 들어차는 等 팬들의 絶對的인 支持를 받았다.

2010 시즌 부터 2014 시즌 까지 EC 바이아는 稅吏이 A에서 持續的으로 活動하였으나, 2014 시즌을 끝으로 稅吏이 B로 다시 내려갔다. 하지만 2016 시즌 稅吏이 B 4位를 記錄하며, 1部 리그로의 復歸에 成功하였다. 또한 2012年 코파 수다메리카나 에 나서며, 22年間의 空白을 깨고 大陸 大會에 參加하게 되었다. 2012年과 2014年 , 2015年 에 캄페誤나투 바이아누 에서 優勝을 차지하였으며, 2017年 에는 코파 노르데스치 에서 優勝하였다.

• 稅吏이 A

優勝 (2) ?: 1959, 1988

準優勝 (2) ?: 1961, 1963

• 稅吏이 C

準優勝 (1) ?: 2007

• 코파 노르데스치

優勝 (3) ?: 2001, 2002, 2017

準優勝 (3) ?: 1997, 1999, 2015

• 他社 老르値-노르데스치

優勝 (3) ?: 1959, 1961, 1963

準優勝 (3) ?: 1960, 1962, 1968

• 토르네이우 두스 캄페옹이스 두 노르데스치

優勝 (1) ?: 1948

• 캄페誤나투 바이아누

優勝 (46) ?: 1931, 1933, 1934, 1936, 1938, 1940, 1944, 1945, 1947, 1948, 1949, 1950, 1952, 1954, 1956, 1958, 1959, 1960, 1961, 1962, 1967, 1970, 1971, 1973, 1974, 1975, 1976, 1977, 1978, 1979, 1981, 1982, 1983, 1984, 1986, 1987, 1988, 1991, 1993, 1994, 1998, 1999, 2001, 2012, 2014, 2015

準優勝 (19) ?: 1941, 1955, 1957, 1963, 1964, 1969, 1972, 1985, 1989, 1992, 1997, 2000, 2004, 2005, 2007, 2008, 2009, 2010, 2013

• 他社 이스타두 다 바이아

優勝 (3) ?: 2000, 2002, 2007

準優勝 (2) ?: 2004, 2006

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