1897年 (메이지 30年) 當時 日本監理敎會 의 傳道者였던 나카다 주지 ( 中田重治 )는 美國에서 무디城西學院 在學 中에 聖潔 을 體驗했다. 그 後 日本 歸國한 나카타는 巡廻 傳道를 했다. 1901年 , 日本에 訪問한 찰스 카우만, 레티 카우만 夫婦와 提携하여 도쿄 간다 進步初 에 中央福音傳道館( 中央福音?道館 )과 이듬해 城西學院 ( 中聖書?院 )을 開設한 것이 日本홀리니스敎會의 起源이다.

後에 어니스트 길보른과 사사오 데쓰사부로( 笹尾?三? )도 이 運動에 加勢하면서 救援과 聖潔의 福音 傳播 및 傳道者 養成에 힘썼다. 이런 福音傳道館의 運動을 통해서 救援받고 聖潔케 되는 사람이 많아지면서, 젊은 傳道者들度 續續 獨立하여 各地에 전도관의 支部를 세워 1905年에는 "東洋宣敎會"( 東洋宣?? , ja )라는 組織을 만들기에 이르렀다. 1917年 (다이쇼 6年), 福音傳道館 全體를 아우르는 "東洋宣敎會 日本홀리니스敎會"가 세워지고, 各地의 전도관은 "敎會"로 呼稱이 바뀌며, 從來의 敎派를 넘나드는 宣敎 團體에서 正式 敎派로 變化되었다. 初代 監督은 나카다 住持가 就任했다.

日本홀리니스敎會는 聖潔 運動 의 核心 敎理인 四重福音(衆生, 聖潔, 神癒, 再臨)을 내세우며 勢力을 넓혀, 1932年 (쇼와 7年)에는 大規模 復興會(홀리니스리바이벌)을 통해 敎會 439個所, 敎人 數 19,523名, 敎役者 수 428名으로, 當時 日本 內 改新敎會 中 5代 敎派 中 하나가 됐다.

1933年 , 再臨信仰에 傾倒되며 다른 主張( 佚遊同調론 )을 하게 된 나카다와, 나카다의 主張에 信仰的으로 同意할 수 없었던 城西學院 의 다섯 敎授들(구루마다 아키地( 車田秋次 ), 요네다 유타카( 米田豊 ), 오하라 道士지( 小原十三司 ), 쓰値야 겐이치( 土屋?一 ), 이치노미야 세이키치( 一宮政吉 ))은 敎團의 臨時總會에서 이를 問題삼으며 解決을 圖謀하였으나, 이를 契機로 敎團은 나카다 側과 다섯 敎授의 立場을 支持하는 側으로 나뉘어 對立하게 된다.

1936年 , 監督側과 委員側은 協議 를 거쳐, 서로 分離되었다. 이로서 日本홀리니스敎會는 消滅되고, 日本聖敎會( 日本聖?? , 다섯 敎授 側, 세이派)와 키요메敎會( きよめ?? , 나카타 側, 키요메파)로 分離되었다. ( 홀리니스分裂事件 ( ホ?リネス分裂事件 , ja )) 이 過程에서 옛 名稱인 '日本홀리니스敎會'를 使用하지 않는다는 合意가 이뤄지고, 이에 나카다 監督과 구루마다 牧師가 署名했다. ^[1]

1941年 (쇼와 16年) 日本은 太平洋戰爭 에 突入했다. 같은 해, 日本의 改新敎 敎團들은 政府의 壓力을 받아, 日本基督敎團( 日本基督?? , UCCJ)을 組織했다. 日本聖敎會(세이派)는 敎壇 第6部, 키요메교회는 敎壇 第9部로 이에 同參했다. 1942年 , 政府는 再臨信仰을 理由로 홀리니스界/聖潔界 敎會들을 迫害하며, 그 結果, 홀리니스界/聖潔界 敎會들은 解散되고 傳道者들은 解職 또는 投獄되고, 甚至於 칸盧 에이( 菅野? ) 牧師처럼 殉敎한 者도 있었다. (홀리니스彈壓事件( ホ?リネス??事件 , ja )) 戰後 日本基督敎團의 舊 日本聖敎會 出身의 一部가 日本 홀리니스 敎團 을 세워 獨立하며, 키요메 敎會는 나가타의 死亡 以後 消滅되나, 基毒性協段 이 그 흐름을 이어간다.

나카다 監督 側 (키요메파)

• 基督兄弟團( 基督兄弟? , 1946年 創設)
• 基毒性協段( 基督聖協? , 1958年 創設)
• 東洋宣敎會키요메그리스도교회( 東洋宣??きよめキリスト?? , 1996年 創設)

委員會 側 (세이派)

• 임마누엘綜合顚倒團( イムマヌエル綜合?道? , 1945年 創設)
• 日本홀리니스敎團( 日本ホ?リネス?? , 1949年 創設)
• 日本福音敎團( 日本福音?? , 1953年 創設)
• 日本福音敎會聯合( 日本福音??連合 , 1953年 創設)
• 日本成川基督敎會聯合( 日本聖泉基督??連合 , 1969年 創設)
• 웨슬리안홀리니스敎團( ウェスレアン?ホ?リネス?? , 1992年 創設)

聯合敎會

• 홀리니스의 무리( ホ?リネスの群 , 日本基督敎團 내 그룹, 1949年)

• 中村敏 『日本における福音派の?史』 いのちのことば社、2000年
• 米田勇 『中田重治?』 中田重治?刊行委員?、1959年