1935年
中國
,
상하이
의 오비완 클럽에서 인디아나 존스는 라오 셰 一黨과
淸나라
의 始祖
누르하치
의 遺骨과
다이아몬드
를 去來하려고 하다가 죽음의 危機에 處한다. 多幸히 쇼걸 윌리 스코트와 꼬마 택시 運轉手 쇼트 라운드의 도움으로 脫出하고, 空港에 있는 飛行機를 타고 逃走하지만 그 飛行機는 라오 셰 一黨의 所有였다.
一行이 탄 飛行機의 操縱士는 燃料를 버린 채 脫出해 버리고, 세 사람은 飛行機안의 구명보트를 利用해 劇的으로 飛行機에서 脫出하고,
印度
의 샤만 마을에 到着하게 된다.
인디아나 존스와 그 一行은
델리
로 가려고 했지만, 샤만 마을의 住民들이 自身들을 도와달라고 하면서 神祕의 돌이 自身들의 마을을 지켜주었는데 판코트 宮殿에서 그것을 가져가버렸고, 그 마을에 가뭄이 오고 아이들은 拉致당했다고 한다. 그리고 판코트 宮殿은 元來 廢墟였으나 새로운 마하라자가 어둠의 힘을 찾아 復活했다 하면서 하늘에서 떨어진 인디아나 존스 一行을
시바
가 보내준 救世主로 여기며 自身들을 도와달라고 한다. 그날 밤 판코트 宮殿에서 한 아이가 脫出한 뒤 인디아나 존스에게 어떤 천조각을 주는데 인디아나 존스는 천조각에 그려진 '상카라가 칼리社 山에서
시바
에게 다섯個의 돌을 받는 모습'의 그림을 보고 그것이 '상카라 스톤'과 關係가 있음을 눈치챈다.
판코트 宮殿에 到着한 뒤, 그 곳에서 판코트 宮殿의 마하라자 자림 싱을 만나고, 인디아나 존스는 그에게 상카라 스톤 이야기와 黑魔術에 對한 이야기를 하나 그는 否認한다.
그날 밤 인디아나 존스와 윌리는 正體不明의 怪漢에게 襲擊당하고, 윌리의 宿所에서 祕密通路를 發見한 뒤 그곳에 천조각에 그려져 있던 그림과 똑같은 게 있음을 알게된다. 그러다가 通路 끝에서 몰라 람이란 者가 黑魔術 儀式을 치루는 光景을 目擊하게 된 一行. 판코트 宮殿은 事實 칼리를 崇拜하는
似而非 宗敎
集團의 本據地였다. 그리고 그들은 5個의 상카라 스톤中 3個를 찾아내었고
세포이의 抗爭
當時 英國軍이 쳐들어올 때 한 僧侶가 鑛山에 숨긴 나머지 2個의 상카라 스톤을 찾아 自身들의 野望을 이루기 위해 아이들을 酷使시키고 있었다.
그리고 一行은 宗敎集團에게 붙잡히고, 인디아나 존스는 몰라 람이 强制로 칼리의 피를 먹여서 그들의 꼭두각시로 만들고, 윌리는 祭物로 바쳐질 運命에 處하게 되었으며, 쇼트는 鑛山에서 强制勞動을 받게 된다. 하지만 쇼트가 脫出해서 인디아나 존스를 불로 살짝 지져 제精神으로 돌아오게 하고, 祭物로 바쳐지려고 하는 윌리 또한 救出한다.
그 뒤 迂餘曲折 끝에 脫出한 인디아나 존스 一行, 하지만
似而非 宗敎
集團이 追擊해오고, 다리를 건너서 도망가려 하지만 인디아나 존스는미처 도망가지 못하고 宗敎集團에게 包圍된다. 그러자 인디아나 존스는 다리를 끊어버린다. 그렇게 인디아나 존스와 몰라 람, 宗敎集團이 끊어진 다리에 매달리고, 몰라 람은 自身의 部下들이 떨어져
鰐魚
의 먹이가 되는 渦中에도 인디아나 존스가 가진 상카라 스톤에 執着하지만, 인디아나 존스가 "너는
시바
를 拒逆하였다!"라고 외치자 상카라 스톤들은 뜨거워지며 인디아나 존스의 가방에서 떨어지고, 몰라 람은 그것을 잡으려다 떨어져서
鰐魚
들의 먹이가 되고 3個의 상카라 스톤中 2個는 물 속으로 떨어진다.
그 뒤 宗敎集團은 화살을 쏴서 인디아나 존스를 죽이려 하지만, 印度軍들이 到着해 宗敎集團을 쫓아낸다. 그리고 인디아나 존스 一行은 상카라 스톤을 샤만 마을에 돌려주고, 마을의 아이들 또한 無事히 돌아오는 場面을 보여주며 끝난다.