2006年
全北 현대 모터스
에 入團하여 프로에 데뷔하였으나, 2006年 7月 팀 同僚인
김형범
과 함께 車를 타고 가다
交通事故
를 當하여 負傷을 입었고,
[3]
回復 以後
2006年 AFC 챔피언스리그
優勝에 크게 貢獻하여 新人賞을 받게 되었다.
[4]
2007年 7月
정경호
,
임유환
과 맞트레이드 되어
蔚山 현대
로 移籍하여,
[5]
2007年 리그컵
優勝 等에 貢獻하였지만,
蔚山 현대
로 移籍한 뒤 每年 잦은 負傷을 입어 많은 競技에 出戰하지 못하였다.
[6]
2008年에는 球團의 同意 없이
잉글랜드 프리미어리그
의
웨스트 브로미치 앨비언 FC
로의 移籍을 推進해 物議를 빚기도 하였다.
[7]
[8]
2010年
이재성
과의 트레이드를 통해
水原 三星 블루윙즈
로 移籍하였으나 移籍하기 前 입은 負傷으로
2010 K-리그
開幕 以後에도 出戰하지 못하다가
4月
말
2010 AFC 챔피언스리그
組別 豫選 6次戰
싱가포르 癌드 포스 FC
와의 競技에 出場하여 데뷔戰을 치렀다. 2010年
K리그
에서 8個의 도움을 올리며 復活의 信號彈을 쏘아올렸고,
2010年 FA컵
優勝에 一助하였다. 2011 시즌에는 팀의 主張이었던
최성국
이 勝負造作 事件에 連累되어 退出당하자, 최성국을 代身하여 主張으로 選任되었고, 核心 選手로 活躍하며 水原의 攻擊을 이끌었다. 시즌이 끝난 後 軍 服務를 위해
安山 警察廳
에 入團하였다.
2013 시즌 K리그 챌린지
에서는 21競技에 出戰 7골 11도움을 記錄하여, 팀을 2位로 이끄는 活躍을 펼쳤으며, K리그 챌린지 도움王을 받았다.
軍 服務를 마친 後 水原으로 復歸하였고, 2年 間 비워 둔 26番을 다시 달았으며,
水原월드컵競技場
에서 열린
슈퍼매치
를 통해 팀 復歸申告와 2-0 勝利를 이끌어, 2014 시즌을 앞두고 2011 시즌 以後, 3年 만에 팀의 主張으로 再選任되었으며, 2014 시즌 팀이
K리그 클래식
準優勝을 차지하는 데 큰 寄與를 하였다. 2014 시즌 後, 自由契約(FA) 選手로 市場에 나온 염기훈은 水原과 1年 再契約을 하였다.
以後 염기훈은 2015年 9月 23日
全南 드래곤즈
와의 遠征競技에서 K리그 通算 最多도움人 233競技 68도움을 記錄하여 以前記錄人
신태용
前 城南選手의 記錄을 更新하였다.
[9]
2015시즌 最高의 活躍을 펼치며 2018年까지 재계약하였다.
그 後, 全北과의 리그 最終戰에서 100番째 攻擊 포인트를 記錄하였고,
K리그 챌린지
(2013年 安山 警察廳 所屬으로 11個의 도움 記錄)에 이어
K리그 클래식
에서도 도움 17個를 記錄하여 도움王으로 登極함으로써 그동안 全無하던 클래식과 챌린지 모두 도움王에 오른 첫 番째 選手가 됐다.
2016시즌에도
水原 三星 블루윙즈
의 主張으로 連任(3年 連續)되었으며,
[10]
2017 시즌에도 水原의 主張으로 連任하여 水原 球團 歷史上 4年 連續 主張을 連任한 選手가 되었다.
[11]
2016年 마지막 競技인
FA컵 2016
決勝에서
FC서울
을 이겨서
水原 三星 블루윙즈
를 FA컵優勝에 이끌었다. 그리고 大會 MVP選手로도 選定되었다.
[12]
2017시즌에는 9月 20日 濟州戰에서 通算 5番째로 한시즌 두자릿數 도움 記錄을 達成했다. 9月 23日 仁川戰에서는 PK 1골을 記錄하여 60골 98도움으로 K리그 5番째 60-60클럽에 加入하였다.
2018시즌을 마지막으로 契約이 얼마 안 남은 狀況에서 球團과의 協商이 遲遲不進하여서 그의 去就에 對해 많은 이야기가 오갔으나 2018年 12月 4日에 水原과의 2年 再契約에 協商하며 次期 시즌에도 水原에 남게 되었다.
[13]
2019年 10月 2日 열린
火星 FC
와의
FA컵
4强 2次戰에서 해트트릭을 炸裂하며 팀의 決勝行을 이끌었다.
2021 시즌 後 水原과 1年 再契約을 맺었으며 2022 시즌 後 플레잉 코치를 겸하기 始作했다.
2023 시즌 途中 김병수가 水原 監督職에서 更迭되자 플레잉코치 最初로 監督代行을 맡아 남은 競技를 치렀으나 結局 降等을 막지 못한채 쓸쓸하게 選手 生活을 마무리하였다.
餘談으로 2023 시즌 김병수가 監督職을 맡고 있을 時期 몇몇 選手와 同調하여 監督 쿠데타가 있었다는 所聞이 있어느나, 염기훈 本人은 그런일이 없었다고 解明 하였지만, 疑心이 되는 狀況이였다.
2024 시즌을 앞두고 正式 監督으로 選任이 되었지만, 水原 三星 팬들의 反應은 싸늘하다. 또한, 염기훈 監督 選任은 2024年 1月 9日에 正式 選任이 되었다. 하지만 球團에서 올린 寫眞을 2023年 12月 19日에 찍은 寫眞이였고 이에 球團은 빠르게 찍은 寫眞 날짜를 지우고 修正하여 오피셜을 올렸다.