16世紀 무렵, 조호르 술탄國은 믈라카 陷落과 포르투갈-區 믈라카 술탄國 勢力 間의 消耗的 衝突을 바탕으로 새로이 勢力을 키운 아체 술탄國과도 商業的으로 競爭해야 하는 處地에 놓였다. 아체는 조호르의 管理 下에 있던 東部 수마트라로 勢力을 擴張하려는 政策을 推進하였기 때문에 아체-조호르 간 軍備 競爭 및 武力 衝突도 벌어졌다. 1539年 아체가 조호르의 아루 를 占領하자 조호르가 봉신國 들의 도움을 받아 다음 해에 再奪還하는 式의 밀고 당기기가 持續되었는데, 1564年 에는 아체가 조호르에 對한 大規模 攻擊을 敢行하여 알라우딘 리아얏 샤 2歲를 生捕하여 아체로 끌고 갔고, 알라우딘은 아체의 監獄에서 죽었다.

알라우딘의 아들 무자파르 샤 2歲 도 붙잡혀 아체로 갔으나, 아체는 아체를 敵對하지 않는 條件으로 무자파르가 조호르의 술탄위에 오르는 것을 許諾하였다. 무자파르는 一旦 이를 받아들였으나, 아체에서 歸國하자마자 軍備 增强에 心血을 기울였다. 아체가 포르투갈을 敵對하고 甚至於 투르크 傭兵을 動員해 말라카를 攻擊(陷落 失敗)하기까지 하자 ^[1] , 조호르는 1568年 포르투갈과 同盟을 맺고 臺 아체 共同前線을 形成하였다. 그러나 1570年 아체의 侵攻으로 조호르는 首都를 江의 上流로 옮겼다. ^[2] 무자파르 샤 2世는 같은 해 毒殺 되었다.

무자파르의 조카 압둘 잘릴 샤 1歲 가 다음으로 술탄위에 올랐으나, 다음 해 死亡하고 압둘 잘릴 샤 1歲의 아버지인 압둘 잘릴 샤 2歲 가 술탄위에 올랐다. 아체는 繼續해서 수마트라 地域의 支配 領域을 넓혀 갔으며, 1575年 조호르의 街神國인 페락 의 主席 貿易 利權을 奪取하기 위해 페락을 攻擊하여 占領하고 王族을 捕虜로 잡아 갔다. 이로 因해 아체는 約 25年 間 페락의 主席 貿易 및 수마트라의 후추 貿易을 掌握하여 믈라카 海峽의 交易에서 主導權을 잡게 되었다. ^[3]

1577年 , 아체에 捕虜로 잡혀 온 페락의 王子가 아체 술탄의 딸과 結婚하고 아체의 술탄位를 繼承하여 만수르 샤 1歲 가 되었다. 만수르는 동생을 페락의 술탄에 임명하여 아체의 페락 支配는 鞏固해지게 되었으나, 만수르가 딸을 조호르의 술탄에게 시집보내 조호르-아체 間 關係는 相當히 圓滿해졌다. 이 무렵 아체뿐 아니라 조호르度 繁榮과 富國强兵의 時期를 맞았다. 조호르는 强力해진 軍事力을 바탕으로 1587年 다시 말라카 奪還戰을 벌였다. 이 戰爭에서 初盤에는 조호르가 優勢하였으나, 다음 해 포르투갈의 反擊으로 結局 敗北하였다. ^[3]

조호르-아체 間 平和 무드는 오래 가지 않았고, 1582年 아체-조호르 間 武力衝突이 發生하는 等 다시 競爭 關係가 되었다. 16世紀가 끝나갈 무렵 强力해진 조호르는 아체를 威脅하였고, 아체는 對抗하기 위해 포르투갈과 가까운 關係를 維持하였다.

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